Le régime financier et comptable défini par les décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés et par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables est applicable à l'établissement.

Le centre Jean-François-Champollion est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Ce contrôle est assuré par un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget. Les modalités du contrôle financier sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Par convention, l'agent comptable d'un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel de rattachement peut être chargé par adjonction de service de la gestion comptable du centre Jean-François-Champollion, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget sur proposition du directeur du centre.
Sur proposition du directeur du centre Jean-François-Champollion et accord du président de l'établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel de rattachement, l'agent comptable peut assurer les missions de chef du service financier du centre Jean-François-Champollion.

Les ressources du centre Jean-François-Champollion comprennent notamment :
Les moyens délégués par l'Etat ;
Les subventions et fonds de concours de l'Etat, des collectivités publiques et de tout organisme public ou privé ;
Les versements et contributions des usagers ;
Les ressources provenant de ses activités de formation continue, des congrès, colloques et manifestations que l'établissement organise ;
Les produits de travaux de recherche, des publications, de l'exploitation ou de la cession de brevets et, de manière générale, le produit des activités de l'établissement ;
Les recettes provenant des dons et legs et de la participation des employeurs au financement des premières formations technologiques et professionnelles, ou de la formation professionnelle permanente ;
Et, d'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses comprennent les frais de fonctionnement et d'équipement et, éventuellement, les frais de personnels propres au centre recrutés conformément aux dispositions législatives et réglementaires en vigueur, ainsi que toutes dépenses qui sont nécessaires à l'activité du centre.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées auprès du centre Jean-François-Champollion dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé. Les régisseurs sont nommés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.

Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués au recteur quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations à caractère budgétaire sont réputées approuvées si le recteur d'académie n'a pas fait connaître son refus de les approuver dans les quinze jours suivant la réception des procès-verbaux. En cas de refus d'approbation, le conseil d'administration dispose d'un délai d'un mois pour délibérer à nouveau. A défaut de nouvelle délibération ou lorsque le budget ou ses modifications ne sont pas adoptés en équilibre réel ou lorsque le financement d'une dépense obligatoire n'est pas prévu, il est arrêté par le recteur d'académie. Le budget doit être adopté au 1er mars. A défaut, il est arrêté par le recteur.

Les délibérations relatives aux emprunts sont soumises à l'approbation du ministre chargé de l'enseignement supérieur et à celle chargé du budget.