Le centre Jean-François-Champollion est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Ce contrôle est assuré par un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget. Les modalités du contrôle financier sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.