L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Par convention, l'agent comptable d'un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel de rattachement peut être chargé par adjonction de service de la gestion comptable du centre Jean-François-Champollion, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget sur proposition du directeur du centre.
Sur proposition du directeur du centre Jean-François-Champollion et accord du président de l'établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel de rattachement, l'agent comptable peut assurer les missions de chef du service financier du centre Jean-François-Champollion.