Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées auprès du centre par arrêté concerté du ministre chargé du budget et du ministre de l'agriculture.

Le fonctionnement de ces régies est assuré conformément aux règles définies par le décret n° 64-486 du 28 mai 1964 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les régisseurs sont nommés par le directeur général du centre, avec l'agrément de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le directeur général du centre peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable, dans la limite des crédits budgétaires, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité par certains agents du centre désignés par lui, après accord du directeur général.

L'agent comptable est tenu de justifier chaque mois les dépenses effectuées.

Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget comprend notamment :

1° En recettes :

a) Les versements de l'Etat ou de la Communauté européenne destinés au financement des coûts de fonctionnement et d'investissement de l'agence ;

b) Les versements de l'Etat ou de la Communauté européenne destinés à des dépenses d'intervention et de transfert ;

c) Les versements d'autres personnes que l'Etat ou la Communauté européenne destinés à des dépenses d'intervention et de transfert ;

d) Les remboursements d'avances et de prêts en matière d'intervention et de transfert ;

e) Les remboursements d'avances et de prêts autres ;

f) Le produit des taxes fiscales affectées ;

g) Les contributions des organisations professionnelles et organismes du secteur intéressé ;

h) Le produit du placement des fonds disponibles ;

i) Les dons et legs ;

j) Les emprunts et lignes de trésorerie ;

k) Le produit des actions de formation ;

l) Les revenus procurés par les participations financières ;

m) Le produit des cessions ;

n) Le produit des redevances pour services rendus ;

o) Le produit des ventes, travaux et prestations ;

p) Des recettes diverses.

2° En dépenses :

a) Les dépenses de personnel ;

b) Les dépenses de fonctionnement ;

c) Les dépenses d'investissement ;

d) Les dépenses de transfert et d'intervention effectuées sous forme d'avances, d'acomptes, d'achats, de prêts, de garanties ou de subventions en vertu des dispositions nationales et communautaires qui leur sont applicables.

Le président-directeur général prépare chaque année, pour la période de douze mois commençant le 1er janvier de l'année suivante, un budget retraçant les dépenses et les recettes nationales et communautaires.

Le budget est présenté en deux parties (I et II).

La partie I correspond aux moyens de l'agence et comporte en dépenses trois enveloppes correspondant respectivement aux a, b, et c du 2° de l'article R. 313-27. Elle comporte en recettes les prévisions concernant les recettes autres que celles mentionnées aux b, c, d et, le cas échéant, une partie des recettes mentionnées aux e, f et j du 1° du même article.

La partie II correspond aux crédits de transfert et d'intervention et comporte en dépenses celles mentionnées au d du 2° de l'article R. 313-27. Elle comporte en recettes les prévisions concernant les recettes mentionnées aux b, c, d et, le cas échéant, une partie des recettes mentionnées aux e, f et j du 1° de cet article. Elle se décompose, en tant que de besoin, en enveloppes dévolues aux différents dispositifs financés, dans des conditions déterminées en accord avec les mandants concernés.

En ce qui concerne les dépenses de transfert et d'intervention financées sur des subventions spécifiques du budget de l'Etat, les enveloppes correspondent aux programmes budgétaires déterminés en application de l'article 7 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances.

L'enveloppe correspondant au c du 2° de l'article R. 313-27 est présentée avec l'indication de la limite assignée aux engagements pouvant être contractés.

Les enveloppes relatives aux dépenses de transfert et d'intervention financées sur crédits nationaux sont également présentées avec l'indication de la limite assignée aux engagements pouvant être contractés sauf demande contraire d'un mandant, pour les dispositifs qui le concernent.

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Le budget de l'année est soumis au vote du conseil d'administration avant le 25 novembre de l'année précédente.

Dans le cas où le budget n'est pas arrêté par le conseil d'administration avant le début de l'année, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base des prévisions de l'exercice précédent.

Toutefois, en cas de nécessité et après accord du contrôleur budgétaire, ces opérations peuvent être effectuées dans la limite du projet non encore approuvé, si elles résultent de l'application des mesures arrêtées pour le budget de l'Etat au titre des subventions allouées par celui-ci et qui en a confié la gestion à l'agence, ou concernent des crédits communautaires ou d'autres partenaires.

Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'investissement sont effectuées, jusqu'à l'approbation de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, par le président-directeur général après accord de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, sur la base du dernier budget approuvé pour l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits qui avaient été affectés à des dépenses non renouvelables.

Le président-directeur général peut procéder, entre deux décisions modificatives, à l'inscription de crédits d'intervention ou de transfert, à la demande expresse des ministres chargés de l'agriculture, de l'emploi et du budget ou lorsque cette inscription est rendue nécessaire en raison des dispositifs dont l'agence assure la gestion pour le compte d'autres partenaires que l'Etat.

Les modifications ainsi apportées au budget de l'année sont soumises ultérieurement au vote de l'organe délibérant au cours de la première réunion qui suit leur mise en œuvre.

Le directeur général peut créer des régies d'avances et de recettes dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les régisseurs sont nommés par le directeur général du centre, avec l'agrément de l'agent comptable.

La comptabilité budgétaire de l'agence retrace, le cas échéant, dans la partie II du budget, les engagements pris au profit des bénéficiaires des transferts par les mandants de l'agence, sous leur seule responsabilité. En cas de carence de la part des mandants dans la notification des engagements pris, l'ordonnateur enregistre par défaut un montant d'engagements correspondant aux dépenses ordonnancées.

Le système d'information de l'agence doit garantir la traçabilité de tous les engagements notifiés par les mandants jusqu'au bénéficiaire final, notamment celle des autorisations d'engagement ouvertes au budget de l'Etat et notifiées à l'agence par l'Etat.

Les limites assignées aux engagements inscrites au budget primitif peuvent être abondées du montant des engagements autorisés l'année précédente et non contractés au dernier jour de l'exercice. Cet abondement intervient par décision du président-directeur général après visa du contrôleur budgétaire et avec l'autorisation expresse du ministre concerné. Il fait l'objet d'une inscription au budget de l'agence dès la première décision modificative.

Un état des reports et des engagements n'ayant pas donné lieu à ordonnancement avant la fin de l'exercice est établi par le président-directeur général, qui le communique aux ministres de tutelle dans le mois suivant la fin de l'exercice après visa du contrôleur budgétaire.

L'agence est soumise aux dispositions du décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président-directeur général après avis de l'agent comptable principal.

L'agence applique le plan comptable approuvé par le ministre chargé du budget après avis des ministres de tutelle et de l'autorité chargée des normes comptables des personnes publiques.

Des comptabilités distinctes sont ouvertes en tant que de besoin, notamment pour les opérations communautaires.

Le compte financier est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales qu'européennes, enregistrées dans la comptabilité de l'agence.

La comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable ou sous son contrôle, selon un plan établi par le président-directeur général et approuvé par les ministres de tutelle et le ministre chargé du budget.

Elle permet de distinguer les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle.

Les fonds disponibles de l'agence sont déposés au Trésor. Toutefois, pour les besoins de ses opérations courantes, des comptes peuvent être ouverts dans des établissements bancaires après autorisation préalable du ministre chargé du budget.

L'agence est autorisée à placer ses fonds disponibles dans des conditions fixées par le ministre chargé du budget.

L'agence peut, avec l'autorisation des ministres chargés du budget, de l'économie et, selon le cas, du ministre chargé de l'agriculture ou du ministre chargé de l'emploi, recourir à l'emprunt ou à des lignes de trésorerie.

En fin d'exercice, les montants recouvrés par l'établissement en application du règlement (CE) n° 1290 / 2005 relatif au financement de la politique agricole commune et qui ont fait l'objet d'une décision de refus d'apurement de la Commission européenne sont reversés au budget national. Les autres montants qui sont conservés par l'Etat membre en vertu de la réglementation communautaire, y compris les prélèvements forfaitaires au titre des frais de recouvrement des irrégularités et des pénalités en matière de conditionnalité, sont, sauf disposition nationale contraire, conservés par l'établissement.

Le ministre chargé du budget fixe par arrêté les conditions dans lesquelles l'agent comptable peut exercer par sondages le contrôle des dépenses d'intervention.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.