Les établissements ou les installations sont divisés en une ou plusieurs zones comptables.
Cette division est telle qu'une zone de suivi physique n'est pas couverte par plusieurs zones comptables. Lorsqu'une zone de suivi physique ne contient que des matières nucléaires sous forme d'articles identifiés, il peut être dérogé à cette disposition pour prendre en compte des contraintes issues de l'application d'accords internationaux sur le contrôle des matières nucléaires. Dans ce cas, la zone de suivi physique est entièrement contenue dans les différentes zones comptables qui la couvre et l'affectation des articles à ces zones comptables est enregistrée au sein du système de suivi physique et fait l'objet des dispositions de traçabilité décrites à l'article 30.1 du présent arrêté.
La division de l'établissement ou de l'installation en zones comptables ainsi que les éventuelles dispositions spécifiques d'enregistrement comptable sont décrites dans l'autorisation.

La comptabilité est tenue, par zones comptables, pour chacune des matières suivantes :

1. Thorium, à l'exception des alliages contenant moins de 5 % en masse de thorium ;
2. Uranium appauvri ;
3. Uranium naturel ;
4. Uranium enrichi à moins de 10 % en uranium 235 ;
5. Uranium enrichi à 10 % ou plus, mais à moins de 20 % en uranium 235 ;
6. Uranium enrichi à 20 % ou plus en uranium 235 ;
7. Uranium 233 ;
8. Plutonium ;
9. Deutérium sous forme gazeuse, d'hydrure ou d'eau lourde ;
10. Tritium sous forme concentrée ;
11. Lithium enrichi en lithium 6.
    Cette comptabilité distingue les matières irradiées et non irradiées. Elle distingue également les matières nucléaires nécessaires à la défense de celles qui ne le sont pas.
    L'unité de compte utilisée est le gramme. Les variations affectant les stocks sont enregistrées :
12. Au gramme pour le lithium enrichi en lithium 6, le deutérium, le thorium, l'uranium appauvri, naturel et enrichi ainsi que pour le plutonium contenu dans du combustible mis en œuvre dans un réacteur de puissance ;
13. Au milligramme pour l'uranium 233, le tritium et le plutonium ne répondant pas aux conditions mentionnées à l'alinéa précédent.

La comptabilité des matières comporte l'enregistrement chronologique sur un livre journal de chacune des variations affectant quantitativement le stock de matières nucléaires d'une zone comptable ou sa répartition selon les types de matières cités à l'article 12 du présent arrêté. A ce titre elle enregistre :

1. Les mouvements externes à la zone comptable, réceptions et expéditions ;
2. Les opérations internes, notamment les utilisations et les transformations ;
3. Les corrections et ajustements, résultats de mesure, calculs et estimations ;
4. Les écarts constatés au cours des inventaires physiques effectués conformément au point 4 de l'article R. 1333-11 du code de la défense ou à toute autre occasion.
   Les variations de stock sont enregistrées le jour même où elles sont constatées sur la base des documents permettant d'assurer leur traçabilité transmis par les personnes en charge du suivi physique. En préalable à leur enregistrement, le comptable effectue un contrôle de cohérence des informations issues du suivi physique ou de l'expéditeur des matières.
   Pour les variations déterminées par calculs ou par analyses, l'enregistrement a lieu le jour où le résultat est connu.
   Dans le cas de variations résultant de la détection d'un écart entre la réalité physique et la comptabilité, l'enregistrement est réalisé dans les huit jours suivant sa détection.
   Le premier jour ouvré du mois et avant tout nouvel enregistrement d'opération, le stock comptable à la date du dernier jour du mois écoulé est calculé, enregistré dans le livre journal et fait l'objet d'un arrêté comptable.
   La comptabilité permet d'élaborer à tout moment un état des stocks comptables.

L'enregistrement chronologique contient, pour chaque variation de stock, les informations suivantes :

1. La date de la variation correspondant à l'opération physique, à l'ajustement comptable ou à la détection de l'écart ;
2. La date d'enregistrement, dans le livre journal, de l'opération mentionnée au point précédent ;
3. La nature de la variation enregistrée ;
4. Les quantités de matières nucléaires ;
5. Pour l'uranium enrichi, la quantité d'uranium 235 ;
6. La forme physico-chimique de la matière ;
7. L'identification de l'article, du lot ou du conteneur ;
8. Le nombre d'articles concernés ;
9. La référence aux engagements nationaux et internationaux sur les matières nucléaires ;
10. La référence du document de déclaration comptable transmis à la direction de l'expertise nucléaire de défense de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire ;
11. Le cas échéant, les points de mesure principaux tels que définis dans le règlement n° 302/2005 de la Commission européenne relatif à l'application du contrôle de sécurité d'Euratom.
    Un enregistrement n'est pas modifiable. Toute correction fait l'objet d'enregistrements où la référence à l'écriture initiale est indiquée.

Le titulaire de l'autorisation transmet les données comptables relatives à tout enregistrement dans le livre journal, à la direction de l'expertise nucléaire de défense de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire, le jour même, sauf dispositions spécifiques prévues dans l'autorisation.
Ces données sont transmises sous un format numérique dont les caractéristiques et les moyens de transmission sont déterminés par la direction de l'expertise nucléaire de défense de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire après avis du titulaire de l'autorisation.

Chaque mois, la direction de l'expertise nucléaire de défense de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire transmet au titulaire de l'autorisation un état récapitulatif des stocks comptables et des variations qui lui ont été déclarées.
Les données figurant dans cet état font l'objet, par le titulaire de l'autorisation, d'un récolement avec les enregistrements et les stocks comptables figurant dans le livre journal. Le résultat de ce récolement est transmis à la direction de l'expertise nucléaire de défense de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire dans les douze jours ouvrés qui suivent la réception de cet état. Tout écart ou toute anomalie détectée ainsi que les explications associées sont mentionnés. Les documents ayant servi à ce récolement sont conservés dans les conditions précisées à l'article 31 du présent arrêté.