Les experts sont nommés par le président du Haut Conseil selon les procédures et critères validés par le collège.
Les noms et curriculum vitae des experts français et étrangers ayant participé à des évaluations sont rendus publics.
La composition des comités d'experts, y compris la nomination de leur président, fait l'objet d'une discussion préalable avec l'entité évaluée. Celle-ci fait part au président du Haut Conseil d'éventuelles situations de conflit d'intérêts.
Lorsque l'évaluation d'une unité de recherche est conduite par le Haut Conseil, le comité d'experts comporte un représentant de l'instance d'évaluation des personnels de chacun des établissements dont relève l'unité, désigné sur proposition de cette instance.
Les comités d'experts peuvent, sur demande motivée par les nécessités de l'évaluation, se faire communiquer tout type de documents, quel qu'en soit le support, et en obtenir la copie, à l'exception de documents appartenant au dossier individuel des personnels de l'entité évaluée.

Les rapports d'évaluation sont élaborés collégialement par chaque comité d'experts.
Ils sont signés par le président du comité et soumis aux responsables des entités évaluées en vue de recueillir leurs observations.