L'établissement est administré par un conseil d'administration et doté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un président, assisté d'un directeur général délégué.

Le conseil d'administration comprend vingt-trois membres :

1° Huit représentants de l'Etat nommés par décret dans les conditions suivantes :

a) Un représentant du ministre chargé de la culture choisi au sein de la délégation générale à la transmission, aux territoires et à la démocratie culturelle ;

b) Un représentant du ministre chargé de la culture choisi au sein du secrétariat général ;

c) Un représentant du ministre chargé de la recherche choisi au sein de la direction chargée de la recherche ;

d) Un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale choisi au sein de la direction chargée de l'enseignement scolaire ;

e) Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur choisi au sein de la direction chargée de l'enseignement supérieur ;

f) Un représentant du ministre chargé du budget choisi au sein de la direction du budget ;

g) Un représentant du ministre chargé de l'industrie choisi au sein de la direction chargée des entreprises ;

h) Un représentant du ministre chargé de l'environnement choisi au sein de la délégation au développement durable ;

2° Cinq personnalités choisies en raison de leur compétence, nommées par décret, sur proposition conjointe du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche ;

3° (Supprimé)

4° Un représentant de la ville de Paris ;

5° Un représentant du conseil régional d'Ile-de-France ;

6° Huit représentants du personnel dans les conditions prévues au chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée. Leur statut est celui que définit le chapitre III de ce titre.

Pour chacun des membres du conseil d'administration mentionné au 1°, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions.

En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.

En cas d'absence ou d'empêchement du président, le délégué général à la transmission, aux territoires et à la démocratie culturelle chargé de la culture convoque le conseil d'administration et en assure la présidence ; le cas échéant, il en fixe l'ordre du jour.

Le mandat des membres du conseil d'administration est renouvelable.

La perte de la qualité en raison de laquelle ils ont été désignés ou élus, la démission ou le décès entraîne la vacance du siège. En cas de vacance survenant plus de six mois avant l'expiration du mandat, un autre membre est désigné dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir. Si la vacance survient dans les six mois qui précèdent l'expiration du mandat, il n'est procédé à aucun remplacement.

Les membres du conseil d'administration, à l'exception du président de l'établissement, exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les représentants élus du personnel au conseil d'administration relèvent du statut défini par le chapitre III du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée. Chacun d'entre eux dispose d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de sa mission.

Un membre du conseil d'administration autre que l'un de ceux mentionnés aux 1°, 3°, 4° et 5° de l'article 6 peut donner mandat, par écrit, à un autre membre de le représenter. Chaque membre ne peut détenir plus de deux mandats par réunion.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président et examine toute question inscrite à l'ordre du jour par le président ou le conseil d'administration statuant à la majorité simple.

Il peut également être convoqué à la demande de l'un des ministres chargés de la tutelle ou à celle de la majorité de ses membres qui, dans ce cas, propose l'ordre du jour.

Lorsque les circonstances le justifient, les délibérations du conseil d'administration peuvent être adoptées par visioconférence ou par l'échange d'écrits dans les conditions prévues par l'ordonnance n° 2014-1329 du 6 novembre 2014 relative aux délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial et le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial.

Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai maximum de quinze jours sur le même ordre du jour. Il délibère alors sans condition de quorum.

Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le directeur général délégué, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le président convie les présidents de l'Etablissement public du Grand Palais et de l'Etablissement public du parc et de la grande halle de La Villette pour l'examen des sujets susceptibles de les intéresser.

Le président peut inviter à participer aux séances du conseil d'administration, à titre consultatif, toute personne dont il juge la présence utile.

En cas d'urgence, les délibérations mentionnées au 12° de l'article 9 en ce qui concerne les baux d'immeubles peuvent être prises après consultation écrite des membres du conseil d'administration. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Le conseil d'administration règle, par ses délibérations, les affaires de l'établissement. Les délibérations du conseil d'administration portent notamment sur :

1° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ;

2° Les orientations générales et la politique scientifique et culturelle de l'établissement qui comprend notamment le projet scientifique et culturel, le contrat entre l'Etat et l'établissement fixant les objectifs de performance au regard des missions assignées et des moyens dont il dispose, ainsi que la programmation des activités ;

3° Le budget et ses modifications ;

4° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;

5° Le rapport annuel d'activité ;

6° Les emprunts ;

7° Les principes de la politique tarifaire de l'établissement ;

8° Les conventions de mise à disposition avec le service chargé des domaines ;

9° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;

10° Les prises, extensions et cessions de participations, les créations de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public ou à des groupements d'intérêt économique, à des établissements publics de coopération culturelle ou à des associations ;

11° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés conclus par l'établissement, ainsi que les catégories de contrats qui, compte tenu de leur nature et de leur importance, relèvent de son approbation ;

12° Les autorisations d'achat, d'échange et de vente d'immeubles, de constitution de nantissements et d'hypothèques et les projets de locations d'immeubles ;

13° Les projets de concession ;

14° (Abrogé) ;

15° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des personnels ;

16° Les transactions et les actions en justice ;

17° Les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des immeubles mis à la disposition de l'établissement public ;

18° Le règlement intérieur de l'établissement.

Le conseil d'administration peut déléguer à son président les attributions prévues aux 9°, 10° s'agissant des participations aux associations, 16° et 17°, dans les limites qu'il détermine. Le président rend compte des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées à l'alinéa suivant deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la culture et de la recherche si aucun d'eux n'y a fait opposition dans ce délai. Il en est de même pour les décisions du président prises par délégation du conseil d'administration en application du dernier alinéa de l'article 9, sous réserve, pour les décisions relatives aux transactions, de l'accord préalable de l'autorité chargée du contrôle économique et financier.

Les délibérations du conseil d'administration mentionnées au 9° de l'article 9 doivent faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de la culture et de la recherche.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le président de l'établissement est nommé par décret en conseil des ministres, parmi les membres du conseil d'administration mentionnés au 2° de l'article 6, sur proposition de celui-ci, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois. Il préside le conseil d'administration et dirige l'établissement.
A ce titre :
1° Il prépare les délibérations du conseil et en assure l'exécution ;
2° Il prépare l'état prévisionnel des recettes et des dépenses ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses, prépare et signe les accords d'entreprise et veille à leur bonne application ;
4° (Abrogé) ;
5° Il signe les contrats engageant l'établissement dans la condition prévue par le 11° de l'article 9 ; il est l'autorité représentant le pouvoir adjudicateur ;
6° Il fixe le prix des prestations et services rendus ;
7° Il signe les autorisations d'occupation temporaire du domaine public ;
8° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
9° Il recrute et gère les personnels de l'établissement ;
10° Il a autorité sur l'ensemble du personnel ;
11° Il arrête le programme d'activités en concertation avec le directeur général délégué ;
12° Il est responsable de l'organisation administrative et a autorité sur les services de l'établissement.
Le président rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut, dans les limites qu'il détermine, déléguer une partie de ses pouvoirs et sa signature au directeur général délégué, ainsi que sa signature aux agents placés sous son autorité, sauf en ce qui concerne le 1° du présent article.

Le directeur général délégué est nommé par le président de l'établissement.
Il est chargé, sous l'autorité de ce dernier, de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du président et du conseil d'administration.

Le conseil scientifique est consulté sur la politique culturelle et scientifique de l'établissement, le projet scientifique et culturel, la programmation des expositions, ainsi que sur toute autre question qui lui est soumise par le président du conseil d'administration.

Il est présidé par le président de l'établissement. Il comprend, outre son président, seize membres :

1° Trois représentants de musées ou de centres de culture scientifique et technique ;

2° Trois représentants d'organismes de recherche ou d'enseignement supérieur ;

3° Dix personnalités nommées en raison de leurs compétences scientifiques, muséologiques, culturelles, industrielles, techniques ou sociales et économiques dont au moins deux salariés de l'établissement issus du monde scientifique sur proposition des organisations syndicales.

Parmi les seize membres mentionnés aux 1°, 2° et 3°, au moins trois sont des personnalités étrangères.

Les membres du conseil scientifique sont nommés par le président de l'établissement pour une durée de trois ans renouvelable.

En cas de vacance d'un siège au conseil scientifique, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.

Le conseil scientifique se réunit au minimum deux fois par an sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour. Celui-ci peut inviter à assister aux séances toute personne dont il juge la présence utile. Les personnes ainsi entendues ne participent pas au vote.

Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant le conseil scientifique sont présents ou représentés. Lorsque le quorum n'est pas atteint, le conseil délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.

Le conseil scientifique se prononce à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, le président du conseil scientifique a voix prépondérante.

Le président du conseil scientifique fait un rapport au conseil d'administration sur les travaux du conseil scientifique au moins une fois par an.