L'agence est administrée par un conseil d'administration comprenant seize membres répartis en quatre collèges composés comme suit :
1° Deux députés et sénateurs, désignés par leur assemblée respective ;
2° Deux maires, un conseiller général et un conseiller régional, nommés par arrêté conjoint du ministre chargé des mines et du ministre chargé des collectivités locales ;
3° Quatre représentants de l'Etat, nommés par arrêté du ministre chargé des mines :
- un représentant du ministre chargé de l'industrie ;
- un représentant du ministre de l'intérieur ;
- un représentant du ministre chargé du logement ;
- un représentant du ministre chargé de l'environnement et de l'aménagement du territoire ;
4° Quatre personnes représentant les établissements publics exerçant des missions dans le domaine minier, nommées par arrêté du ministre chargé des mines.

Les membres du conseil d'administration sont désignés pour une durée de cinq ans renouvelable. Toutefois, le mandat des administrateurs membres du Parlement ou des collectivités locales prend fin de plein droit dès l'expiration du mandat électif au titre duquel ils ont été désignés.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Elles ouvrent droit aux indemnités pour frais de séjour dans les conditions prévues aux décrets du 12 avril 1989 et du 28 mai 1990 susvisés.

Le conseil d'administration est présidé par un membre d'un des collèges mentionnés aux 1° et 2° de l'article 5 ci-dessus, nommé par décret pour une durée de trois ans renouvelable, pris sur proposition du ministre chargé des mines. En cas d'empêchement du président, la séance est présidée par le doyen d'âge du conseil d'administration.

Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président, au moins deux fois par an. En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire à la demande du ministre de tutelle, à celle d'un des ministres auprès desquels est placée l'agence, ou encore de celle de la moitié au moins de ses membres, sur un ordre du jour précis et limité.
Le contrôleur financier et l'agent comptable mentionné à l'article 15 ci-après assistent aux séances avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile pour l'étude d'un point particulier de l'ordre du jour, notamment un représentant de la direction des Archives de France.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la majorité des membres en exercice assistent à la séance. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai minimum de huit jours et un délai maximum de trente jours ; il délibère alors sans condition de quorum.
Un membre du conseil peut se faire représenter par un autre membre du conseil, sous réserve qu'ils appartiennent au même collège, défini à l'article 5 ci-dessus. Aucun membre du conseil ne peut être titulaire de plus de deux mandats.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil d'administration délibère sur les orientations générales et sur les activités de l'agence. Il délibère en particulier sur les objets suivants :
1° L'adoption du règlement intérieur ;
2° L'organisation de l'agence, et notamment la création de délégations régionales ;
3° Le budget de l'agence et ses modifications ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Le tableau des emplois ;
6° Le rapport annuel d'activité ;
7° Le régime des contrats et conventions éventuellement passés par l'agence ;
8° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
9° L'approbation des projets d'acquisition, de construction, d'aliénations ou d'échanges d'immeubles, constitutions d'hypothèques ou de droits réels, projets de baux et locations d'immeubles ;
10° Les emprunts ;
11° Les conditions dans lesquelles le directeur est autorisé à transiger ;
12° Les actions en justice, sous réserve des délégations expressément consenties au directeur ;
13° Toutes questions se rapportant aux missions de l'agence qui lui sont soumises par le ministre de tutelle.

I. - Sous réserve des dispositions du II et du III ci-après, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires de plein droit dans un délai d'un mois à compter de leur réception par le ministre de tutelle.
II. - Les délibérations portant sur le budget et ses modifications ainsi que sur le compte financier et l'affectation des résultats sont approuvées dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé par le ministre de tutelle et le ministre chargé du budget.

III. - Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ainsi que sur les emprunts ne sont exécutoires qu'après approbation expresse du ministre de tutelle et du ministre chargé du budget.

L'agence est dirigée par un directeur, nommé pour une durée de cinq ans renouvelable, par décret pris sur proposition du ministre chargé des mines, après avis du conseil d'administration.
Par dérogation, le premier directeur peut être nommé avant l'installation du conseil d'administration.

Le directeur :
1° Assure la direction des services de l'agence ;
2° Assiste de droit aux réunions du conseil d'administration dont il prépare et exécute les délibérations ;
3° Nomme le personnel de l'agence, sur lequel il a autorité et dont il assure la gestion ;
4° Est ordonnateur des dépenses et des recettes ;
5° Représente l'agence en justice ; en cas d'urgence, il est habilité à agir tant en action qu'en défense pour faire respecter les intérêts de l'agence, et en rend compte à la plus prochaine réunion du conseil d'administration ;
6° Représente l'agence dans tous les actes de la vie civile ;
7° Conclut les transactions dans les conditions fixées par le conseil d'administration ;
8° Elabore le rapport annuel ;
9° Emet les avis de l'agence sur les consultations prévues au 4° de l'article 2 du présent décret ; il en rend compte au conseil d'administration ;
10° Peut déléguer sa signature.