L'agence est administrée par un conseil d'administration comprenant seize membres répartis en quatre collèges composés comme suit :
1° Deux députés et sénateurs, désignés par leur assemblée respective ;
2° Deux maires, un conseiller général et un conseiller régional, nommés par arrêté conjoint du ministre chargé des mines et du ministre chargé des collectivités locales ;
3° Quatre représentants de l'Etat, nommés par arrêté du ministre chargé des mines :

• un représentant du ministre chargé de l'industrie ;
• un représentant du ministre de l'intérieur ;
• un représentant du ministre chargé du logement ;
• un représentant du ministre chargé de l'environnement et de l'aménagement du territoire ;

4° Quatre personnes représentant les établissements publics exerçant des missions dans le domaine minier, nommées par arrêté du ministre chargé des mines.