Le secrétariat général du Conseil supérieur de la fonction militaire, dont les effectifs et les moyens sont fixés par le ministre de la défense, est dirigé par un membre du corps militaire du contrôle général des armées portant le titre de secrétaire général. Nommé par le ministre de la défense, il est rattaché au cabinet de ce dernier.
Le secrétariat permanent de chacun des conseils de la fonction militaire, dont les effectifs et les moyens sont fixés par le vice-président du conseil, est dirigé par un officier supérieur portant le titre de secrétaire général. Il est désigné par le ministre de la défense sur proposition du vice-président du conseil, auquel il est directement subordonné, et pour le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie sur proposition du ministre de l'intérieur.

Pour l'exécution des décisions du ministre de la défense, président du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire, les secrétaires généraux du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire, chacun pour ce qui le concerne :

- procèdent, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, à l'étude préliminaire des propositions, études et suggestions qui leur sont adressées, en vue de leur inscription éventuelle à l'ordre du jour ;
- organisent les activités du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire et l'étude des questions inscrites à l'ordre du jour des travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire et des sessions des conseils de la fonction militaire : à cet effet, les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire réunissent en dehors des sessions les groupes de travail éventuellement créés en application des prescriptions du cinquième tiret ;
- préservent la liberté d'expression au sein du Conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire et veillent au respect des garanties prévues dans les articles R. 4124-24 et R. 4124-25 du code de la défense ;
- rédigent les différents comptes rendus et veillent à leur diffusion ainsi qu'à celle des messages, communiqués et documents relatifs à l'activité du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire ;
- peuvent, en dehors des sessions, convoquer des membres des conseils de la fonction militaire en groupe de travail pour étudier notamment des thèmes particuliers relatifs au personnel militaire ;
- procèdent, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, au traitement des questions relatives à la condition militaire qui leur sont adressées par les militaires dans les conditions fixées dans le titre IV ci-dessous ;
- tiennent à jour et mettent à la disposition des membres des conseils toutes documentations et informations sur les questions relevant de la compétence des conseils ;
- préparent et coordonnent, sous la responsabilité du secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire en liaison avec la commission de contrôle, les opérations de désignation des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et des membres des conseils de la fonction militaire ;
- contribuent personnellement à mieux faire connaître le rôle et l'action du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire, notamment au moyen d'articles dans la presse militaire et lors des réunions tenues dans les formations et établissements auxquels ils rendent visite.

Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire assure la coordination de l'activité des secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire pour toutes les questions relevant de la compétence du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Il reçoit copie de l'ordre du jour, du communiqué et de l'avis des sessions de ces conseils et organise les réunions relatives à la préparation des travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire.
En liaison avec les services du ministère de la défense, il assure le suivi des travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire.
Il tient à jour tout indicateur permettant d'évaluer la qualité des processus mis en œuvre dans le cadre de la concertation.

Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire correspond directement avec le secrétariat général pour l'administration, le contrôle général des armées, la direction générale de l'armement, les états-majors, la direction générale de la gendarmerie nationale et les directions centrales des services interarmées. Les autorités auxquelles s'adresse le secrétaire général lui répondent directement.
Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire correspondent directement avec les organismes de leur armée, direction ou service, ainsi qu'avec les directions de l'administration centrale. Les autorités auxquelles s'adressent les secrétaires généraux leur répondent directement.
Les secrétaires généraux du conseil supérieur et des conseils de la fonction militaire correspondent directement entre eux.