L'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr est placée sous le commandement d'un officier général qui porte le titre de général commandant les écoles de Coëtquidan. Il dispose des pouvoirs disciplinaires conférés à l'autorité militaire de deuxième niveau.
Il est assisté :
- d'un commandant en second, directeur général de la formation militaire ;
- d'un directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
- d'un conseil d'instruction et d'un conseil de discipline, dans les conditions prévues par le décret n° 2008-947 du 12 septembre 2008 fixant certaines dispositions applicables aux élèves militaires des écoles militaires d'élèves officiers de carrière.
Il dispose :
- de personnel militaire et civil des armées ;
- de personnel enseignant et chercheur ;
- de personnalités choisies en raison de leur compétence.

Les listes des candidats déclarés reçus aux concours ouverts en application des 1°, 2° et 3° de l'article 7 ou admis au titre des 1° et 2° de l'article 14 du décret du 22 décembre 1975 susvisé sont publiées au Journal officiel de la République française, avec mention de la date à laquelle ils doivent se présenter à l'école et, si nécessaire, de la date limite de désistement à partir de laquelle il ne pourra plus être fait appel aux candidats des listes complémentaires et de la date d'effet du contrat d'engagement.

Conformément à l'article 1er du décret du 28 juin 1978 susvisé, les lauréats admis au titre des 1°, 2° et 3° de l'article 7 du décret du 22 décembre 1975 susvisé souscrivent :
-pour les lauréats admis au titre des 1° et 2° de l'article 7, un contrat d'engagement de deux ans ;
-pour les lauréats admis au titre du 3° de l'article 7, un contrat d'engagement d'un an.
Jusqu'à la date limite de désistement, le contrat d'engagement peut être dénoncé par l'élève.
Ce contrat peut être résilié, d'une part, dans les cas prévus par le décret du 20 décembre 1973 susvisé et, d'autre part, pour insuffisance de résultats et à titre de sanction, conformément aux dispositions du décret du 28 juin 1978 susvisé.

Les conditions d'aptitude médicale des élèves admis à l'école spéciale militaire sont vérifiées au cours d'un examen médical d'incorporation. Les candidats dont l'aptitude médicale apparaît douteuse ou insuffisante lors de cet examen médical sont présentés par le médecin-chef de l'école à la contre-visite d'un médecin des armées spécialiste.
L'avis de ce médecin est transmis au médecin inspecteur du service de santé de l'armée de terre qui l'adresse avec son avis pour décision du ministre de la défense (chef d'état-major de l'armée de terre).
Le ministre de la défense prend une des décisions suivantes : apte, inapte ou ajourné d'un an.

Les élèves ayant fait l'objet d'une décision d'ajournement conservent le bénéfice de leur admission à l'école spéciale militaire. Ils sont convoqués à l'école avec la promotion suivante et subissent un nouvel examen médical. La procédure qui leur est appliquée est celle prévue par l'article 4 ci-dessus, sans toutefois qu'ils puissent faire l'objet d'une nouvelle décision d'ajournement.
Les élèves ayant fait l'objet d'une décision d'inaptitude ou d'ajournement sont dirigés sur leur foyer.

L'admission à suivre la scolarité de l'école spéciale militaire n'est définitive que lorsque les conditions d'engagement et d'aptitude médicale prévues aux articles 3 et 4 ci-dessus sont remplies.

Au cours de la scolarité, la constatation des indisponibilités pour raison de santé et l'attribution des congés auxquels peuvent prétendre les élèves en vertu du statut sous lequel ils servent interviennent dans les conditions prévues par le code de la défense.
Lorsque la prolongation de l'indisponibilité est de nature à compromettre la scolarité d'un élève, le conseil d'instruction émet un avis sur :
- le redoublement de l'année scolaire en cours, si l'intéressé est susceptible de recouvrer une aptitude physique suffisante et s'il n'a pas déjà bénéficié d'une mesure de redoublement ;
- l'exclusion de l'école dans le cas contraire.