L'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr est placée sous le commandement d'un officier général qui porte le titre de général commandant les écoles de Coëtquidan. Il dispose des pouvoirs disciplinaires conférés à l'autorité militaire de deuxième niveau.
Il est assisté :
- d'un commandant en second, directeur général de la formation militaire ;
- d'un directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
- d'un conseil d'instruction et d'un conseil de discipline, dans les conditions prévues par le décret du 28 juin 1978 susvisé.
Il dispose :
- de personnel militaire et civil des armées ;
- de personnel enseignant et chercheur ;
- de personnalités choisies en raison de leur compétence.