L'Agence nationale de la recherche est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général.

Le conseil d'administration de l'Agence nationale de la recherche est composé :
1° Du président du Haut Conseil de la science et de la technologie ;
2° De six représentants de l'Etat parmi lesquels :
a) Deux sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
b) Un sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
c) Deux sur proposition du ministre chargé de l'industrie ;
d) Un sur proposition du ministre chargé du budget,
nommés, ainsi que leurs suppléants, par arrêté du ministre chargé de la recherche ;
3° De cinq personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences dans le domaine de la recherche et du développement technologique, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche.
Leur mandat est de trois ans renouvelable une fois.
En cas de vacance par décès, démission ou pour toute autre cause que ce soit, de l'un des membres du conseil d'administration, il est pourvu à son remplacement. Les membres nommés au titre du 2° le sont pour la durée restant à courir du mandat de leur prédécesseur.

Le président du conseil d'administration de l'agence est choisi parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 5. Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la recherche pour une durée de trois ans. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
En cas de vacance définitive de la présidence en cours de mandat, le nouveau président est nommé pour la durée du mandat restant à courir. Lorsque cette durée est au plus égale à un an, il peut être nommé pour deux autres mandats consécutifs.
Au nom de l'établissement, il agit en justice et, sous réserve des compétences dévolues au directeur général en application de l'article 14, dans les actes de la vie civile. Il peut déléguer sa signature au directeur général, pour les décisions prises à cet effet.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Les membres du conseil d'administration déclarent les fonctions qu'ils occupent ainsi que les mandats ou les intérêts qu'ils détiennent dans les organismes qui bénéficient ou ont vocation à bénéficier des concours financiers accordés par l'agence. Ces déclarations sont faites au président du conseil d'administration.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre part à une délibération lorsqu'ils ont un intérêt personnel direct ou indirect à l'affaire qui en est l'objet.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la recherche ou de la majorité de ses membres, sur un ordre du jour déterminé.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par le directeur général. Le conseil d'administration est alors présidé par le représentant du ministre chargé de la recherche.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres ou de leurs représentants ou suppléants est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des voix des membres présents ou représentés, sauf pour ce qui concerne le règlement intérieur de l'établissement, qui est adopté à la majorité absolue des membres du conseil. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Un membre du conseil d'administration qui n'est pas suppléé peut donner, par écrit, mandat à un autre membre de le représenter à une séance. Nul ne peut détenir plus d'un mandat.
Le directeur général de l'établissement, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable assistent au conseil d'administration avec voix consultative.
Il en est de même pour le président du conseil de surveillance de l'Agence de l'innovation industrielle ou son représentant et le président du conseil d'administration de l'établissement public OSEO ou son représentant.
Le président du conseil d'administration peut inviter à assister à une séance toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le contrat pluriannuel avec l'Etat prévu à l'article L. 329-2 du code de la recherche et le rapport annuel sur l'exécution des engagements passés dans ce cadre ;
2° Les orientations de la programmation scientifique de l'établissement et de la politique de financement des programmes de recherche, d'octroi et de gestion des aides ;
3° Le programme d'activité de l'établissement qui comprend notamment la mise en oeuvre des dispositions des articles L. 329-4 et L. 329-5 du code de la recherche et les modalités générales de ses interventions ;
4° L'organisation générale des services et le règlement intérieur de l'établissement, qui fixe notamment les conditions d'application de l'article 8 ;
5° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ;
6° Le budget et les décisions modificatives ;
7° Le compte financier, l'affectation des résultats et l'utilisation du fonds de réserve ;
8° Les conditions générales de passation des conventions et marchés et notamment des conventions passées par l'établissement avec les organismes choisis pour assurer la gestion scientifique, administrative et financière de certains appels d'offres ;
9° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ;
10° Les baux, acquisitions et aliénations d'immeubles ;
11° Les emprunts ;
12° La participation de l'établissement à des groupements d'intérêt public et à toute autre structure dotée de la personnalité juridique ;
13° L'acceptation des dons et legs ;
14° Les actions en justice et les transactions ; il peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer ces attributions au président ;
15° Le rapport annuel sur l'activité et le fonctionnement administratif et financier de l'établissement ;
16° La création en son sein de tout comité nécessaire à l'accomplissement de ses missions parmi lesquels un comité d'audit ;
17° Les règles de déontologie qui s'appliquent aux organes de l'établissement, à ses agents et aux organismes mentionnés au 8°, afin de garantir leur indépendance et leur impartialité.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par son président ou le ministre chargé de la recherche.
En ce qui concerne les matières énumérées aux 10°, 12° et 13°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général dans les limites qu'il détermine. Le directeur général lui rend compte, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche s'il n'a pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions prises par le directeur général sur délégation du conseil d'administration. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche peut autoriser leur exécution immédiate.
Les délibérations portant sur le budget ou ses modifications ainsi que sur le compte financier mentionnées respectivement aux 6° et 7° de l'article 11 sont approuvées par le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé du budget dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.
Pour devenir exécutoires, les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles mentionnées au 10° du même article doivent faire l'objet d'une approbation expresse par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la recherche.

Le directeur général de l'Agence nationale de la recherche est choisi parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'établissement. Il est nommé par décret en conseil des ministres, pour cinq ans, sur proposition du ministre chargé de la recherche. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.

Le directeur général :
1° Prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution ;
2° Prépare et exécute le budget et ses modifications ;
3° Est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° A autorité sur les services de l'établissement et assure le respect du règlement intérieur ;
5° Recrute les personnels contractuels, gère et affecte dans les différents services l'ensemble des personnels de l'établissement ;
6° Conclut les conventions et marchés dans les conditions définies par le conseil d'administration conformément au 8° de l'article 11 ; est la personne responsable des marchés ;
7° Fixe le prix des prestations et services rendus par l'établissement ;
8° Prend les décisions d'attribution des subventions de l'Etat dans les conditions définies par le conseil d'administration sur le fondement du 2° de l'article 11.
Le directeur général peut, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, apporter au budget, après avis de l'autorité chargée du contrôle financier et notification au ministre chargé de la recherche, des modifications ne comportant pas de variation du montant des recettes ou des dépenses, ni de virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital. Il les soumet pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.
Il établit chaque année un rapport d'activité qu'il soumet à l'approbation du conseil d'administration et transmet à l'autorité de tutelle.
Pour les actes accomplis en tant que personne responsable des marchés, il peut déléguer sa signature aux responsables des services placés sous son autorité. Pour les autres actes, il peut déléguer sa signature à toute personne placée sous son autorité.

Par dérogation aux dispositions de l'article 7 du décret du 28 mai 1982 susvisé, les représentants de l'administration au comité technique paritaire central de l'établissement peuvent être désignés parmi les agents non titulaires d'un niveau équivalent à celui des corps classés dans la catégorie A ou assimilés, ou spécialement qualifiés pour traiter des questions entrant dans la compétence des comités techniques.