Le président de l'Agence nationale de la recherche, choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technique, est nommé par décret pris sur proposition du ministre chargé de la recherche pour une durée de cinq ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures et l'avis d'une commission d'examen des candidatures.

En cas de vacance de la présidence en cours de mandat, le nouveau président est nommé pour la durée du mandat restant à courir. Lorsque cette durée est au plus égale à un an, il peut être nommé pour deux autres mandats consécutifs.