SNCF Mobilités est administré par un conseil d'administration composé de dix-huit membres comprenant, outre le président du directoire de la SNCF :

- quatre représentants de l'Etat ;
- deux personnalités choisies par l'Etat en raison de leur compétence ;
- cinq personnalités choisies par la SNCF pour la représenter ;
- six représentants des salariés.