La comptabilité des organismes de mutualité sociale agricole a pour fonction :
1° De faire apparaître la situation patrimoniale de l'organisme, active et passive ;
2° De déterminer les résultats globaux de l'exercice ;
3° De dégager les résultats en fin d'exercice et de les comparer aux prévisions ;
4° De dégager éventuellement les résultats analytiques d'exploitation ;
5° D'établir les statistiques dans les conditions prévues à l'article D. 723-221.
Elle retrace les opérations des gestions budgétaires, les opérations des gestions techniques, les opérations de trésorerie, les opérations faites avec les tiers ou pour le compte de tiers, les mouvements du patrimoine des organismes.

La comptabilité générale est tenue selon le principe de la partie double. L'exercice comptable s'étend, sauf dérogation, du 1er janvier au 31 décembre.

Outre les opérations mentionnées aux articles D. 723-165, D. 723-166, D. 723-168 et D. 723-169, la comptabilité des organismes de mutualité sociale agricole doit permettre, grâce à l'enregistrement des opérations au jour le jour, de suivre distinctement, pour les salariés et les non-salariés agricoles, par branche et catégorie d'opérations mentionnées à l'article D. 723-158, l'état des cotisations émises et encaissées et des autres recettes encaissées, ainsi que des prestations et autres dépenses payées, depuis le début de l'exercice.

La comptabilité des caisses départementales et pluridépartementales et de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole est établie selon le plan comptable prévu à l'article L. 114-1-1 du code de la sécurité sociale.

Une instruction du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'économie définit notamment les règles de comptabilisation des biens, des charges, bonis ou pertes sur réalisations.
Le remboursement des avances, l'affectation des excédents, l'apurement des déficits doivent être effectués dans les conditions fixées par instructions du ministre chargé de l'agriculture.

Des instructions particulières du ministre chargé de l'agriculture déterminent notamment :
1° Les procédés d'application du plan comptable unique aux organismes de mutualité sociale agricole ;
2° La liste des registres et documents comptables ;
3° La tenue desdits registres et documents ;
4° Les liaisons qui s'établissent entre, d'une part, le siège de la caisse et, d'autre part, les caisses secondaires, les correspondants et les oeuvres ;
5° Les registres et documents comptables qui doivent être tenus et établis au titre des opérations effectuées par les caisses secondaires, correspondants et oeuvres. Une partie de ces registres et documents peut être établie par le siège de la caisse dans les conditions fixées par les instructions précitées ;
6° Les opérations d'inventaires effectuées en fin d'année ;
7° La tenue de la comptabilité matières prévue à l'article D. 723-183 ;
8° Les conditions d'établissement des statistiques prévues à l'article D. 723-221.

Les comptes annuels comprennent :
1° Le bilan ;
2° Les comptes de résultats ;
3° L'annexe.

Les comptes annuels sont établis par l'agent comptable et visés par le directeur.
Ils sont présentés par l'agent comptable au conseil d'administration, accompagnés du rapport mentionné à l'article D. 723-189.
Le directeur remet chaque année au conseil d'administration un rapport sur le fonctionnement administratif et financier de l'organisme.

Les comptes annuels arrêtés par le conseil d'administration sont transmis avant le 1er avril qui suit la fin de l'exercice, pour examen, aux comités régionaux d'examen des comptes institués par l'article L. 134-2 du code des juridictions financières ainsi qu'au directeur du travail, chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles compétent.
Sur l'avis du comité, le directeur du travail, chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale peut soit approuver les comptes annuels, soit les transmettre pour approbation au ministre chargé de l'agriculture.
Dans tous les cas, le directeur du travail, chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale communique au ministre chargé de l'agriculture les comptes annuels accompagnés de son avis ou approbation et de l'avis du comité régional d'examen des comptes. Il fait parvenir, d'autre part, son avis ou la copie de la décision d'approbation au trésorier-payeur général.

Les opérations d'administration comprennent toutes les dépenses nécessaires au fonctionnement des caisses de mutualité sociale agricole ou qui leur sont imposées au profit de services ou organismes en application des textes législatifs et réglementaires, à l'exception des dépenses de l'action sanitaire et sociale, des dépenses des établissements et oeuvres, des dépenses de contrôle médical.
L'ensemble des dépenses de fonctionnement des diverses sections créées en application des dispositions de l'article L. 723-3, y compris les dépenses communes de la section d'action sanitaire et sociale sont imputées intégralement aux opérations d'administration, à l'exclusion des dépenses de même nature qui sont imputées à d'autres budgets par application des dispositions réglementaires ou d'instructions spéciales.

Les caisses de mutualité sociale agricole transmettent périodiquement au ministre chargé de l'agriculture la statistique des opérations effectuées dans les conditions fixées par instructions de ce ministre.

Les caisses de mutualité sociale agricole adressent au directeur du travail, chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles et au trésorier-payeur général, dans le premier mois de chaque trimestre, un exemplaire de la balance trimestrielle.

Les livres et registres comptables ou les documents qui en tiennent lieu sont conservés au moins pendant dix ans.
Les titres de propriété ne peuvent être détruits.
Les pièces justificatives sont conservées au moins pendant trois ans. En tout état de cause, elles ne peuvent être détruites qu'après approbation des comptes de l'exercice qu'elles concernent.

A l'expiration des délais de conservation prévus à l'article D. 723-223, la production d'un registre, d'un document ou d'une pièce justificative ne peut être refusée que si sa destruction est constatée par un procès-verbal signé par le directeur et l'agent comptable.

Le conseil d'administration ne peut délivrer de quitus à l'agent comptable qu'après approbation par le directeur du travail, chef du service régional de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles ou par le ministre chargé de l'agriculture des comptes annuels afférents aux exercices pendant lesquels il était en fonction, y compris l'exercice au cours duquel il a cessé ses fonctions.
D'autre part, le conseil d'administration ne peut délivrer un certificat de quitus au délégué de l'agent comptable ou aux caissiers et agents ayant obtenu délégation de l'agent comptable dans les conditions fixées par l'article D. 723-186 qu'après avoir recueilli l'avis favorable de l'agent comptable.

Les avances de fonds mises à la disposition des caisses secondaires ne peuvent dépasser le montant moyen des paiements d'une quinzaine. Elles ne peuvent être complétées ou renouvelées qu'au fur et à mesure des justifications fournies.

L'agent comptable peut, dans les conditions prévues aux articles D. 723-207 et D. 723-208, faire ouvrir des comptes de disponibilités à ses délégués des caisses secondaires pour l'exécution, sous la signature des agents habilités à cet effet, de retraits de fonds, de paiements ou de virements.

Les fonctionnaires habilités par le ministre chargé de l'agriculture et le ministre chargé de l'économie et des finances ont libre accès dans tous les services et établissements relevant des caisses de mutualité sociale agricole. Ils doivent, lors de leurs opérations sur place et au moment même d'y procéder, en donner avis au directeur de l'organisme contrôlé ou à son représentant local.
Les caisses de mutualité sociale agricole sont tenues de prêter leur concours à ces fonctionnaires lors de leurs missions, enquêtes ou vérifications, de fournir tous renseignements et de communiquer toutes délibérations et décisions, tous contrats, conventions et marchés, tous documents, registres, livres, justifications de recettes ou de dépenses ; ils devront présenter leur caisse, leur portefeuille, leurs valeurs de toute nature, titres de propriété ou de créances.
Le droit de communication comporte le droit d'obtenir copie.