Le conseil d'administration comprend, outre le président :
1° Sept représentants de l'Etat :
a) Le directeur de l'administration générale au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
b) Le directeur de l'architecture et du patrimoine ou son représentant ;
c) Le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
d) Le directeur de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
e) Le directeur du budget ou son représentant ;
f) Le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant ;
g) Un conservateur régional de l'archéologie désigné par le ministre chargé de la culture ;
2° Deux représentants des organismes de recherche et d'enseignement supérieur :
a) Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
b) Le premier vice-président de la conférence des présidents d'université ou un autre membre de cette instance désigné par lui ;
3° Deux représentants des collectivités territoriales, désignés conjointement par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé de la recherche ;
4° Deux représentants des personnes publiques et privées concernées par l'archéologie préventive, désignés conjointement par les mêmes ministres ;
5° Quatre membres élus par les personnels de l'établissement et parmi eux ;
6° Quatre personnalités qualifiées dans le domaine de l'archéologie :
a) Deux désignées par le ministre chargé de la culture ;
b) Deux désignées par le ministre chargé de la recherche.
Le directeur général, le directeur chargé des questions scientifiques et techniques, le contrôleur financier, l'agent comptable, ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président, assistent aux séances avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° La politique générale de l'établissement et, sur proposition du conseil scientifique, son programme d'activité scientifique ainsi que les conditions générales de mise en oeuvre des actions de coopération prévues aux deuxième et troisième alinéas de l'article 4 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée ;
2° L'organisation générale de l'établissement, notamment son organisation territoriale, et son règlement intérieur ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
5° Les modalités de calcul des exonérations et réductions de redevance prévues aux deuxième et troisième alinéas du III de l'article 9 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée ;
6° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés ;
7° Les modalités de tarification des prestations et services rendus par l'établissement ;
8° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
9° Les emprunts, ainsi que les prises, cessions ou extensions de participation et créations de filiales ;
10° L'acceptation des dons et legs ;
11° Les transactions ;
12° Les actions en justice, dans les conditions qu'il détermine ;
13° Le rapport annuel d'activité.
En ce qui concerne les matières énumérées aux 5°, 7°, 10° et 11°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général dans les limites qu'il détermine. Le directeur général lui rend compte, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an. Il peut être également réuni par son président à la demande du tiers au moins de ses membres ou de l'un des ministres chargés de la tutelle.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours sur le même ordre du jour. Il délibère alors valablement, quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
A l'exception de ceux qui peuvent se faire suppléer en application de l'article 18, les membres du conseil d'administration qui ne peuvent assister à une réunion peuvent donner pouvoir à un autre membre du conseil pour voter en leur nom. Nul ne peut détenir plus d'un pouvoir.
En cas d'urgence, les décisions mentionnées aux 8°, 11° et 12° de l'article 9 peuvent être prises après consultation écrite des membres du conseil d'administration, selon des modalités préalablement définies par celui-ci.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la tutelle, si aucun de ceux-ci n'a fait connaître son opposition dans ce délai.
Les délibérations mentionnées aux 3°, 4°, 5°, 6°, 8° et 11° de l'article 9 deviennent exécutoires, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la tutelle et le ministre chargé du budget, si aucun de ceux-ci n'a fait connaître son opposition dans ce délai.
Les délibérations du conseil d'administration mentionnées au 9° du même article doivent, pour devenir exécutoires, faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de la tutelle et, dans la limite de ses attributions, du ministre chargé du budget.
En cas d'urgence, les ministres chargés de la tutelle peuvent autoriser l'exécution immédiate des délibérations.
Les dispositions du présent article sont applicables aux décisions du directeur général prises sur délégation du conseil d'administration.