Le directeur général de l'établissement est nommé par décret pour trois ans, sur proposition conjointe du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche, après avis du président. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
Il est assisté d'un directeur chargé des questions scientifiques et techniques, qu'il nomme sur avis conforme du président.

Le directeur général dirige l'établissement. A ce titre :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute le budget et les autres délibérations du conseil d'administration ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il recrute, nomme et gère le personnel ;
5° Il conclut les contrats, conventions et marchés dans les conditions définies par le conseil d'administration conformément au 6° de l'article 9 ;
6° Il prend toutes décisions relatives à la redevance d'archéologie préventive, sous réserve des dispositions du 5° de l'article 9 ;
7° Il fixe le prix des prestations et services rendus par l'établissement.
Le directeur général peut, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, apporter au budget, avec l'accord du contrôleur financier, des modifications ne comportant ni accroissement du niveau des effectifs du personnel sous contrat à durée indéterminée ou du montant total des dépenses, ni réduction du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section des opérations en capital et la section de fonctionnement. Ces décisions peuvent concerner des virements de crédits entre les crédits à répartir et la section de fonctionnement. Elles sont ratifiées par le conseil d'administration lors de la première séance qui suit leur signature.

Le directeur général peut nommer des ordonnateurs secondaires. Il peut leur déléguer ses pouvoirs, dans les limites qu'il détermine, en matière de passation de marchés publics.
Il peut déléguer sa signature aux personnes placées sous son autorité, dans la limite de leurs attributions et dans les conditions qu'il détermine.