Le directeur de l'Ecole nationale d'administration est nommé par décret pour une période de cinq ans renouvelable une fois. Il peut être mis fin aux fonctions de directeur de l'école dans les conditions prévues à l'article 25 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat.

L'organisation de la scolarité, la discipline intérieure de l'école et les sanctions susceptibles d'être prononcées, ainsi que les garanties dont elles doivent être assorties, sont fixées par le règlement intérieur de l'école, qui est établi par le directeur de l'école, soumis à l'avis du conseil d'administration en application de l'article 9 du présent décret et approuvé par arrêté du ministre chargé de la fonction publique.
Le directeur de l'école prend toutes mesures utiles pour l'exécution des délibérations du conseil d'administration et le fonctionnement de l'école. Il peut déléguer sa signature.
Il représente l'école en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'école.
Il nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
En cas d'absence ou d'empêchement, le directeur de l'école est suppléé dans ses fonctions par le secrétaire général.

Un comité d'évaluation des actions menées par l'école, dont le rôle et la composition sont fixés par le règlement intérieur, est créé auprès du directeur de l'école.

Le directeur de l'école est assisté par :
- un secrétaire général ;
- un directeur des études ;
- un directeur des stages ;
- un directeur de la formation permanente et de la recherche ;
- un directeur des relations internationales.
Le secrétaire général et les directeurs sont nommés par arrêté du Premier ministre et du ministre chargé de la fonction publique sur proposition du directeur de l'école.
Le secrétaire général et les directeurs peuvent être assistés d'adjoints nommés par le directeur de l'école.

Les élèves de chaque promotion, les élèves et auditeurs étrangers des cycles internationaux et les stagiaires du cycle de perfectionnement prévu au dernier alinéa de l'article 7 du décret n° 99-945 du 16 novembre 1999 relatif au statut particulier du corps des administrateurs civils sont représentés auprès de la direction de l'école pour l'examen et le règlement de toutes les questions d'intérêt collectif les concernant.
Ces représentants, élus dans les conditions prévues par le règlement intérieur, sont réunis par le directeur de l'école selon une périodicité et des modalités fixées par le règlement intérieur.