La direction des systèmes d'information et de communication comprend :
- la misssion de la stratégie et du système de pilotage ;
- la sous-direction de l'administration générale ;
- la sous-direction des études et des logiciels ;
- la sous-direction de l'ingénierie, de l'équipement et de l'exploitation ;
- le service central des systèmes d'information et de communication.
Le directeur des systèmes d'information et de communication est assisté d'un adjoint qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.

La mission de la stratégie et du système de pilotage est chargée de l'élaboration et du suivi du plan stratégique des systèmes d'information et de communication en concertation avec les directions du ministère.
Elle définit et anime le système de pilotage et d'évaluation de la performance des systèmes d'information et de communication du ministère.

La sous-direction de l'administration générale est chargée de traiter les questions de personnel, budgétaires et financières, et les marchés publics liés à l'activité de la direction des systèmes d'information et de communication, en liaison avec la direction des ressources humaines et la direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières.

La sous-direction des études et des logiciels définit et veille à la mise en oeuvre des principes et des normes d'architecture technique et fonctionnelle garantissant la cohérence et l'évolutivité des systèmes d'information du ministère. Elle est chargée de conduire, en liaison avec les autres directions du ministère, les projets d'applications informatiques et de téléservices depuis leur conception jusqu'à leur mise en exploitation.

La sous-direction de l'ingénierie, de l'équipement et de l'exploitation est chargée de la conception des réseaux, de leur déploiement, de leur exploitation, et de la mise en oeuvre des infrastructures distribuées. Elle veille à la cohérence d'équipement des services utilisateurs du ministère en matériels et logiciels, et à la sécurité des systèmes d'information dans le cadre des orientations définies par le haut fonctionnaire de défense.

Le service central des systèmes d'information et de communication est chargé d'équiper les services de l'administration centrale en matériels et logiciels informatiques et de communication, de conseiller et d'assister leurs utilisateurs. Il exploite également les systèmes et applications informatiques nationales nécessaires au fonctionnement opérationnel des services du ministère.