La sous-direction de l'ingénierie, de l'équipement et de l'exploitation est chargée de la conception des réseaux, de leur déploiement, de leur exploitation, et de la mise en oeuvre des infrastructures distribuées. Elle veille à la cohérence d'équipement des services utilisateurs du ministère en matériels et logiciels, et à la sécurité des systèmes d'information dans le cadre des orientations définies par le haut fonctionnaire de défense.