Le fonctionnaire ne bénéficie pas des dispositions du des articles L. 822-4, L. 822-6 à L. 822-11, L. 822-12 à L. 822-17, L. 822-26, L. 823-1 à L. 823-6, L. 825-1 et L. 825-2 du code général de la fonction publique.

Le fonctionnaire en activité qui satisfait aux critères définis par l'article L. 323-3 du code de la sécurité sociale peut, sur présentation d'un certificat médical, être autorisé à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique.
La quotité de temps de travail est fixée à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %, de la durée hebdomadaire de service du ou des emplois à temps non complet que le fonctionnaire occupe. Lorsqu'il occupe des emplois à temps non complet dans plusieurs collectivités ou établissements publics, la quotité de temps de travail fixée dans l'autorisation est répartie entre les emplois occupés par les autorités territoriales intéressées. En cas de désaccord sur cette répartition, la quotité de temps de travail retenue dans l'autorisation est répartie au prorata du temps de travail de chaque emploi occupé.
Les modalités d'exercice du service à temps partiel pour raison thérapeutique sont fixées dans les conditions définies à l'article 13-1, au premier alinéa de l'article 13-2 ainsi qu'aux articles 13-7 à 13-12 du décret du 30 juillet 1987 susvisé.

En cas d'affection dûment constatée le mettant dans l'impossibilité d'exercer son activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée, le fonctionnaire bénéficie d'un congé de grave maladie pendant une période maximale de trois ans.

Dans cette situation, il conserve l'intégralité de son traitement pendant une durée de douze mois. Le traitement est réduit de moitié pendant les vingt quatre mois suivants.

L'intéressé est soumis à l'examen d'un spécialiste agréé compétent pour l'affection en cause. Le congé est accordé par décision de l'autorité territoriale ou décision conjointe des autorités territoriales dont il relève sur avis du conseil médical saisi du dossier.

Le congé pour grave maladie peut être accordé par période de trois à six mois. L'agent qui a épuisé un congé de grave maladie ne peut bénéficier d'un autre congé de cette nature s'il n'a repris auparavant l'exercice de ses fonctions pendant un an.

Le fonctionnaire en activité bénéficie, en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, d'un congé pour invalidité imputable au service pendant toute la période d'incapacité de travail jusqu'à la guérison complète, la consolidation de la blessure ou le décès.

Il a droit au versement par l'autorité territoriale de son plein traitement jusqu'à l'expiration de son congé.

Les prestations en espèces ainsi que les pensions d'invalidité versées par la caisse primaire d'assurance maladie viennent selon le cas en déduction ou en complément des sommes allouées par les collectivités ou établissements en application des articles L. 631-1 à L. 631-9, L. 822-1, L. 822-2, L. 822-3 et L. 822-5 du code général de la fonction publique et en application des articles 36 et 37 du présent décret.

La collectivité territoriale ou l'établissement public concerné est subrogé le cas échéant dans les droits éventuels du fonctionnaire au bénéfice de ces prestations.

A l'issue d'un congé de maladie, de grave maladie, pour invalidité temporaire imputable au service, le fonctionnaire physiquement apte à reprendre son service reprend son ou ses emplois précédents ou un ou des emplois équivalents.

Le fonctionnaire qui est définitivement inapte physiquement à l'exercice de ses fonctions à l'issue d'un congé de maladie, de grave maladie, pour invalidité imputable au service, de maternité, de paternité et d'accueil de l'enfant, d'adoption ou d'un congé supplémentaire de naissance ou de la période de disponibilité accordée au titre de l'article 40 ci-dessus et qui ne peut être reclassé en application du décret n° 85-1054 du 30 septembre 1985 susvisé est licencié.

Le licenciement ne peut intervenir avant l'expiration d'une période de quatre semaines suivant la fin du congé de maternité, de paternité et d'accueil de l'enfant, d'adoption ou d'un congé supplémentaire de naissance. Le cas échéant, le licenciement est différé jusqu'à l'expiration des droits statutaires à congé de maladie, de grave maladie, pour invalidité imputable au service.

Le fonctionnaire licencié pour inaptitude physique perçoit une indemnité de licenciement.

L'indemnité de licenciement est égale à la moitié du traitement mensuel défini à l'article 32 pour chacune des douze premières années de services et au tiers de celui-ci pour chacune des années suivantes, sans pouvoir excéder douze fois le montant de ce traitement.

Le nombre d'années de services est déterminé dans les conditions prévues à l'article 31. Toute fraction de services égale ou supérieure à six mois est comptée pour un an. Toute fraction de services inférieure à six mois n'est pas prise en compte.

Pour les agents qui ont atteint l'âge de prévu à l'article L. 161-17-2 du code de la sécurité sociale, l'indemnité de licenciement est réduite de 1,67 % par mois de services au-delà de cet âge.

Chaque autorité territoriale peut faire procéder à tout moment par un médecin agréé à la contre-visite du fonctionnaire placé en congé de maladie. Le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération à cette contre-visite.

Si les conclusions du médecin chargé du contrôle donnent lieu à contestation, le conseil médical peut être saisi dans les conditions prévues par la réglementation en vigueur pour les fonctionnaires à temps complet.

La composition du conseil médical départemental et les procédures suivies pour l'octroi des congés prévus aux articles L. 822-1, L. 822-2, L. 822-3 et L. 822-5 du code général de la fonction publique et à l'article 40 du présent décret et pour la saisine du conseil médical supérieur sont celles prévues par la réglementation en vigueur pour les fonctionnaires titulaires à temps complet.