L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend dix membres :
1° Quatre membres de droit :
a) Le directeur des musées de France ou son représentant ;
b) Le directeur de l'administration générale du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
c) L'administrateur général de la Réunion des musées nationaux ou son représentant ;
d) Le président de l'Etablissement public du musée d'Orsay ou son représentant ;
2° Un représentant de la famille du donateur, nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition des ayants droit ;
3° Quatre personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, dont un membre de l'Académie des beaux-arts, nommées par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur des musées de France ;
4° Un représentant du personnel élu dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture.
Pour chacun des membres mentionnés aux 2° et 4°, un suppléant est, selon le cas, nommé ou élu dans les mêmes conditions que le titulaire.

Le président du conseil d'administration de l'établissement est nommé, par arrêté du ministre chargé de la culture pour une période de trois ans renouvelable, sur proposition du directeur des musées de France, parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 6.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par le directeur. Le conseil d'administration élit alors en son sein un président de séance parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 6.

Le représentant élu du personnel au conseil d'administration dispose d'un crédit de cinq jours par an pour l'exercice de sa mission.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Les membres du conseil d'administration, autres que les membres de droit, sont nommés ou élus pour une durée de trois ans renouvelable.
Toute vacance pour quelque cause que ce soit ou perte de la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés, survenant plus de six mois avant le terme normal du mandat, donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an à l'initiative de son président. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la culture ou du quart de ses membres.
Les membres du conseil d'administration mentionnés au 3° de l'article 6 peuvent donner, par écrit, mandat à un autre membre afin de les représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur, le secrétaire général, le contrôleur financier et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° La politique scientifique et culturelle de l'établissement dans le cadre des orientations fixées par l'Etat ;
2° Le prêt des oeuvres pour une durée limitée et dans des conditions non préjudiciables à la présentation de l'oeuvre de Jean-Jacques Henner au sein du musée ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° La politique tarifaire de l'établissement. Il fixe les droits d'entrée et les tarifs des prestations annexes ;
5° Le budget et ses modifications dans les conditions prévues à l'article 12 ;
6° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
7° La programmation des travaux ;
8° Les dons et legs autres que ceux consistant en oeuvres destinées à prendre place dans les collections du musée ;
9° Les concessions, les autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public et les délégations de service public ;
10° Les emprunts, les prises, extensions et cessions de participation, les créations de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public ou à des associations ;
11° Les catégories de contrats et de conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation et celles dont il délègue la responsabilité au directeur du musée ;
12° Les projets d'achats d'immeubles, de prise à bail, de ventes et de baux d'immeubles ;
13° Les conditions dans lesquelles les espaces du musée sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles ;
14° L'exercice des actions en justice et les transactions ;
15° Les conditions de rémunération des agents contractuels ;
16° Le règlement intérieur de l'établissement et le règlement de visite du musée.

Le conseil d'administration peut, dans les limites qu'il détermine, déléguer certaines de ses attributions au directeur de l'établissement.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture, s'il n'a pas fait d'observations dans ce délai.
Les délibérations relatives aux 4° et 9° de l'article 11 deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé du budget, si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observations dans ce délai. Celles relatives au 15° du même article deviennent exécutoires dans les mêmes conditions, mais dans un délai d'un mois.
Les délibérations relatives aux 10° et 12° du même article doivent pour devenir exécutoires faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de la culture et du budget.
Les délibérations portant sur le budget ou sur ses modifications ainsi que sur le compte financier mentionnées respectivement aux 5° et 6° de l'article 11 sont approuvées par les mêmes ministres dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé. Toutefois, le délai mentionné au premier alinéa de l'article 1er dudit décret est fixé à quinze jours.

Le directeur, choisi parmi les personnes présentant des qualifications au sens de l'article L. 442-8 du code du patrimoine, est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur des musées de France pour une durée de trois ans renouvelable.
Le directeur dirige l'établissement. A ce titre :
1° Il arrête l'ordre du jour des réunions du conseil d'administration, prépare ses délibérations et en assure l'exécution ;
2° Il propose et met en oeuvre la politique scientifique et culturelle de l'établissement et rend compte de son exécution au conseil d'administration ;
3° Il décide, au nom du ministre chargé de la culture, des acquisitions prévues au 1° de l'article 3, après avis du conseil d'administration et du conseil artistique des musées nationaux ;
4° Il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
5° Il signe les contrats et conventions engageant l'établissement. Il est la personne responsable des marchés ;
6° Il peut créer des régies d'avances et des régies de recettes, sur avis conforme de l'agent comptable ;
7° Il peut, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, prendre en accord avec le contrôleur financier des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement du niveau des effectifs du personnel permanent ou du montant total des dépenses, ni réduction du montant total des recettes, ni variation de la capacité d'autofinancement. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de la première séance qui suit leur adoption ;
8° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
9° Il gère le personnel, recrute les personnels contractuels et donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours ;
10° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et les affecte dans les différents services.
Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Sauf pour les actes accomplis en tant que personne responsable des marchés, il peut déléguer, dans les limites qu'il détermine, sa signature au secrétaire général de l'établissement.
En cas d'empêchement du directeur, pour quelque cause que ce soit, les fonctions d'ordonnateur pour l'exécution courante des recettes et des dépenses de l'établissement, ainsi que celles de personne responsable des marchés sont provisoirement exercées par le secrétaire général.

Le secrétaire général est placé sous l'autorité du directeur. Il prépare et met en oeuvre les décisions du directeur. Il dirige le service d'administration générale de l'établissement ; à ce titre il prépare, exécute le budget et assure la gestion administrative et financière.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur.