Le conseil scientifique comprend, outre le président de l'établissement :
1° Le vice-président du Conseil national de la recherche archéologique ;
2° Sept personnes élues au sein de chacune des catégories suivantes de personnels exerçant des fonctions scientifiques dans le domaine de l'archéologie, dont :
a) Deux par les personnels d'enseignement et de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements d'enseignement supérieur ;
b) Deux par les personnels de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements de recherche ;
c) Deux par les personnels du ministère chargé de la culture exerçant leurs fonctions dans les services des directions régionales des affaires culturelles chargés de l'archéologie ;
d) Un par les personnels des collectivités territoriales exerçant leurs fonctions dans un service d'archéologie de collectivités territoriales ;
3° Quatre personnes choisies en raison de leurs compétences dans le domaine de l'archéologie préventive :
a) Deux désignées par le ministre chargé de la culture ;
b) Deux désignées par le ministre chargé de la recherche ;
4° Cinq membres élus par les agents de l'établissement appartenant à la filière scientifique et technique et parmi eux.

Le conseil scientifique assiste le président, le conseil d'administration et le directeur général dans la définition de la politique scientifique de l'établissement. Il assure l'évaluation des activités de ce dernier, en matière de recherche et d'exploitation des résultats de celle-ci, de formation, de diffusion culturelle et de valorisation de l'archéologie.
A ce titre, il délibère notamment sur :
1° Le projet de programme d'activité scientifique de l'établissement et les rapports d'activité correspondants ;
2° Les conditions générales de mise en oeuvre des actions de coopération prévues aux deuxième et troisième alinéas de l'article 4 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée ;
3° Les recommandations générales sur les méthodes de réalisation des diagnostics et fouilles et sur les modalités scientifiques de mise en oeuvre par l'établissement de son droit de garde temporaire des objets mobiliers archéologiques ;
4° Les orientations de la politique de l'établissement en matière de publication et de diffusion des résultats ;
5° Les qualifications des personnels appartenant à la filière scientifique et technique, ainsi que les programmes de formation scientifique de ces personnels ;
6° L'évaluation, lors des recrutements, des promotions et des demandes de congé de recherche, des activités des mêmes personnels.

Le conseil scientifique est réuni au moins deux fois par an, sur convocation de son président.
Le président peut constituer des commissions chargées d'étudier les questions ressortissant à la compétence du conseil scientifique. Ces commissions peuvent comprendre des personnes n'appartenant pas à ce conseil, désignées à titre d'expert.
Le directeur général ou son représentant, le directeur chargé des questions scientifiques et techniques et toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances du conseil scientifique et de ses commissions avec voix consultative.
Le directeur chargé des questions scientifiques et techniques prépare les travaux du conseil scientifique et de ses commissions et en assure le secrétariat.
Les procès-verbaux des commissions interrégionales de la recherche archéologique et du Conseil national de la recherche archéologique sont transmis à l'établissement public. Ils sont tenus à la disposition du conseil scientifique.