La commission est présidée par le directeur de la recherche et des études doctorales, qui ne dispose pas du droit de vote.
La commission se réunit sur convocation signée de son président. Elle peut faire appel à des rapporteurs extérieurs, chaque fois que la nature des travaux du requérant le justifie. Elle rend ses avis à la majorité absolue des membres présents.
Le ministre de l'éducation nationale, de la jeunesse et des sports prend une décision sur chaque recours, après avis de la commission.