Lorsque le bénéficiare de la prime est placé en position de délégation, en application de l'article 35 du décret n° 84-135 du 24 février 1984 portant statut des personnels enseignants et hospitaliers des centres hospitaliers et universitaires, auprès d'un établissment public de recherche ou d'une entreprise, le versement de la prime d'encadrement doctorale et de recherche est maintenu pendant six mois, suspendu pendant une période de six mois et supprimé au-delà.

Lorsque la délégation est prononcée auprès de l'Institut universitaire de France, la prime d'encadrement doctorale et de recherche est versée au bénéficiaire pendant toute la durée de cette position.