Le contrôle sanitaire mentionné au 2° du I de l'article L. 1321-4 du code de la santé publique est exercé par le vétérinaire des armées territorialement compétent. Ce contrôle doit permettre d'assurer que sont respectées l'ensemble des dispositions législatives et réglementaires relatives à la sécurité sanitaire des eaux destinées à la consommation humaine, y compris les eaux chaudes sanitaires.

L'arrêté du directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement autorisant l'utilisation d'eau en vue de la consommation humaine précise le contenu du programme des analyses de contrôle sanitaire, les fréquences des prélèvements et analyses ainsi que les lieux de prélèvement.
Le programme d'analyses des échantillons d'eau peut être modifié à tout moment par le vétérinaire des armées territorialement compétent si les conditions de protection du captage d'eau et de fonctionnement des installations ou la qualité de l'eau le justifient. Les frais liés à la réalisation des prélèvements et aux analyses sanitaires sont à la charge de la personne responsable de la production ou de la distribution d'eau (PRPDE).
Le vétérinaire des armées territorialement compétent est tenu informé de l'ensemble des résultats des analyses de contrôle sanitaire effectués.
La personne responsable de la production ou de la distribution d'eau (PRPDE) tient à la disposition du vétérinaire des armées territorialement compétent les résultats de la surveillance de la qualité des eaux, ainsi que toute information en relation avec cette qualité.
Le vétérinaire des armées territorialement compétent peut faire effectuer les analyses complémentaires dans les cas prévus aux articles R. 1321-17 et R. 1321-18 du code de la santé publique.
Les analyses d'eau effectuées au titre du contrôle sanitaire ne peuvent être réalisées que par un laboratoire ayant obtenu un agrément préalable du ministre chargé de la santé ou reconnu compétent par le directeur central du service de santé des armées (DCSSA).

Lorsque les limites ou références de qualité réglementaire des eaux définies aux articles R. 1321-2 et R. 1321-3 du code de la santé publique ne sont pas satisfaites ou lorsque les conditions techniques de production ou de distribution des eaux entraînent un risque pour la santé des personnes, la personne responsable de la production ou de la distribution d'eau (PRPDE) est tenue d'en informer immédiatement le vétérinaire des armées territorialement compétent et de prendre dans les plus brefs délais possibles les mesures correctives nécessaires afin de rétablir la qualité de l'eau.
Le vétérinaire des armées territorialement compétent s'assure de la pertinence des mesures correctives et, le cas échéant, demande à la personne responsable de la production ou de la distribution d'eau (PRPDE) de prendre des mesures complémentaires.
Le directeur régional du service de santé des armées territorialement compétent propose, si nécessaire, au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement d'imposer, par arrêté, une interruption de la distribution ou une restriction dans l'utilisation des eaux destinées à la consommation humaine, ou toute autre mesure nécessaire pour protéger la santé des personnes.
La personne responsable de la production ou de la distribution d'eau (PRPDE) informe le vétérinaire des armées territorialement compétent et le directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement de l'application effective des mesures prescrites et de l'évolution de la qualité des eaux.