L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par le décret du 10 décembre 1953 et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisés ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé.
Les conditions d'adaptation des dispositions de ce dernier à l'établissement sont celles prévues par l'arrêté du 1er décembre 2005 relatif aux modalités d'exercice du contrôle financier applicable aux établissements publics à caractère scientifique et technologique.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations qui lui sont attribués par l'Etat, les institutions européennes, les collectivités territoriales et toutes autres personnes publiques et privées ;
2° Les honoraires d'expertise et autres redevances pour services rendus ;
3° Les sommes perçues en matière de formation professionnelle ou continue ;
4° Les produits des travaux de recherches et d'études pour le compte de tiers ;
5° Les produits de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle et ceux de leur cession ;
6° Les produits résultant de la vente des publications ;
7° Les versements et contributions des organismes publics ou privés, français ou internationaux, avec lesquels l'établissement passe des conventions ;
8° Les revenus des biens, fonds et valeurs de son patrimoine, ainsi que le produit de leur aliénation ;
9° Les dons et legs ;
10° Le produit des emprunts ;
11° De façon générale, toutes les ressources provenant de l'exercice de ses activités dont il pourrait légalement disposer et les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'Agence nationale pour la recherche comprennent :
1° Les aides aux projets de recherche et de développement technologique et les dotations aux fondations de recherche ;
2° Les frais de personnel ;
3° Les frais de fonctionnement, d'équipement et d'investissement ;
4° De façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur général de l'établissement, avec l'accord de l'agent comptable et du membre du corps du contrôle général économique et financier. Elles sont soumises aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.

L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé de l'économie et des finances.