Le conseil académique délibère sur les orientations générales et le programme d'action que lui propose le président. Il propose à l'assemblée réunie en séance plénière la création des instances mentionnées à l'article 11.

Le conseil académique rédige le règlement intérieur qui fixe notamment :
1° Les modalités des élections des membres de l'assemblée, en particulier les conditions de quorum, de représentation et de vote par procuration ;
2° Les modalités du congé académique accordé de droit aux membres indisponibles ainsi que celles de leur réintégration ;
3° La procédure de radiation de membres ;
4° La procédure par laquelle est déterminé pour chaque élection le nombre de nouveaux membres ;
5° La liste, la composition, les attributions et les modalités d'élection des instances mentionnées à l'article 11 ainsi que la durée et les conditions de renouvellement des mandats des responsables de celles-ci ;
6° Les dispositions assurant la représentation de l'assemblée au conseil académique ;
7° Les conditions de représentation pour l'élection des membres du conseil académique.

Le conseil académique se réunit pour siéger en tant que conseil d'administration sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre chargé de la recherche ou par au moins cinq de ses membres sur un ordre du jour déterminé et par écrit.
Le directeur de l'établissement public, le membre du corps du contrôle général financier ou son représentant, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent à ces séances avec voix consultative.

Le conseil d'administration ne délibère valablement que si la majorité de ses membres est présente ou représentée, ou participe à la séance par des moyens de conférence téléphonique ou audiovisuelle permettant l'identification de ces membres et leur participation effective à une délibération collégiale, conformément aux dispositions de l'ordonnance n° 2014-1329 du 6 novembre 2014 relative aux délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximal de trois semaines ; il délibère alors valablement sans condition de quorum.

Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité absolue des votants ; en cas de partage, la voix du président est prépondérante.

Le lieu, la date et l'heure ainsi que l'ordre du jour des séances sont portés au moins quinze jours à l'avance à la connaissance des membres du conseil d'administration ainsi que du contrôleur budgétaire et du commissaire du Gouvernement.

Si cela s'avère nécessaire pour assurer le bon fonctionnement de l'établissement, une délibération peut être organisée à l'initiative du président du conseil d'administration sous la forme d'échanges écrits transmis par voie électronique. La délibération est adoptée conformément aux dispositions du décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial.

En tant que conseil d'administration, le conseil académique règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement administratifs de l'établissement ;
2° Les conditions d'emploi et de recrutement des personnels ;
3° Le budget et les décisions modificatives ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Les emprunts pour des acquisitions ou des aménagements immobiliers ;
6° Les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles ;
7° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ;
8° Les baux et locations d'immeubles, l'aliénation de biens mobiliers, l'acceptation des dons et legs, les actions en justice et les transactions ;
9° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
10° Les conventions.
Il prépare le rapport annuel d'activité de l'établissement public.
Le conseil d'administration se prononce, en outre, sur les questions qui lui sont soumises par son président ou le ministre chargé de la recherche.
Le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs, dans les limites qu'il détermine, au président dans les matières énumérées au 10° et au bureau dans les matières énumérées aux 6°, 8° et 9°. Il est rendu compte lors de la plus proche séance des décisions prises en vertu de ces délégations.

Les délibérations énumérées au 10° de l'article 19 sont immédiatement exécutoires.

Les délibérations énumérées aux 5° et 6° de l'article 19 et les participations à des organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires un mois après leur réception par les ministres chargés de la recherche et du budget, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les autres délibérations énumérées à l'article 19 sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche, si celui-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ce dernier peut en autoriser l'exécution immédiate.

Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté du ministre chargé de la recherche, est placé auprès de l'établissement.

Il assiste aux délibérations du conseil d'administration ou s'y fait représenter par un fonctionnaire placé sous son autorité et nommément désigné.

Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres de ce conseil. Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.

Il dispose d'un droit de veto à l'égard des délibérations du conseil d'administration relatives à l'organisation générale de l'Académie et à sa gestion financière. Il exerce ce droit dans les quinze jours qui suivent soit la réunion, s'il y a assisté ou y était représenté, soit la réception du procès-verbal de la séance.

Le veto du commissaire du Gouvernement a un caractère suspensif jusqu'à ce que le ministre de tutelle se soit prononcé. A défaut de décision expresse de ce ministre dans un délai de vingt jours à compter du jour d'exercice du droit de veto, la décision devient exécutoire.

Lorsque le commissaire du Gouvernement demande par écrit des informations ou documents complémentaires, les délais mentionnés au précédent alinéa sont suspendus jusqu'à la production de ces informations ou documents.