Le conseil académique délibère sur les orientations générales et le programme d'action que lui propose le président. Il propose à l'assemblée réunie en séance plénière la création des instances mentionnées à l'article 11.

Le conseil académique rédige le règlement intérieur qui fixe notamment :
1° Les modalités des élections des membres de l'assemblée, en particulier les conditions de quorum, de représentation et de vote par procuration ;
2° Les modalités du congé académique accordé de droit aux membres indisponibles ainsi que celles de leur réintégration ;
3° La procédure de radiation de membres ;
4° La procédure par laquelle est déterminé pour chaque élection le nombre de nouveaux membres ;
5° La liste, la composition, les attributions et les modalités d'élection des instances mentionnées à l'article 11 ainsi que la durée et les conditions de renouvellement des mandats des responsables de celles-ci ;
6° Les dispositions assurant la représentation de l'assemblée au conseil académique ;
7° Les conditions de représentation pour l'élection des membres du conseil académique.

Le conseil académique se réunit pour siéger en tant que conseil d'administration sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre chargé de la recherche ou par au moins cinq de ses membres sur un ordre du jour déterminé et par écrit.
Le directeur de l'établissement public, le membre du corps du contrôle général financier ou son représentant, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent à ces séances avec voix consultative.

La validité des délibérations requiert que la moitié des membres soit présente.
Les décisions sont prises à la majorité simple des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

En tant que conseil d'administration, le conseil académique règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement administratifs de l'établissement ;
2° Les conditions d'emploi et de recrutement des personnels ;
3° Le budget et les décisions modificatives ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Les emprunts pour des acquisitions ou des aménagements immobiliers ;
6° Les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles ;
7° Les principes de la tarification des prestations et services de toute nature rendus par l'établissement ;
8° Les baux et locations d'immeubles, l'aliénation de biens mobiliers, l'acceptation des dons et legs, les actions en justice et les transactions ;
9° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
10° Les conventions.
Il prépare le rapport annuel d'activité de l'établissement public.
Le conseil d'administration se prononce, en outre, sur les questions qui lui sont soumises par son président ou le ministre chargé de la recherche.
Le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs, dans les limites qu'il détermine, au président dans les matières énumérées au 10° et au bureau dans les matières énumérées aux 6°, 8° et 9°. Il est rendu compte lors de la plus proche séance des décisions prises en vertu de ces délégations.

Les délibérations énumérées au 10° de l'article 19 sont immédiatement exécutoires.
Les délibérations énumérées aux 5° et 6° de l'article 19 et les participations à des organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires un mois après leur réception par les ministres chargés de la recherche et du budget, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai.
Les délibérations portant sur le budget primitif, les décisions modificatives et le compte financier sont exécutoires, sauf opposition du ministre chargé de la recherche ou du ministre chargé du budget, un mois après la réception du procès-verbal par chacun des ministres.
Les autres délibérations énumérées à l'article 19 sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche, si celui-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. En cas d'urgence, ce dernier peut en autoriser l'exécution immédiate.