Les caisses de mutualité sociale agricole sont responsables de l'application des dispositions concernant l'organisation du service de santé au travail agricole. Elles peuvent, soit instituer en leur sein une section de santé au travail, soit créer une association spécialisée. Par exception aux dispositions de l'article L. 4622-11 du code du travail (Gouvernance paritaire des services de prévention et santé au travail)Art. L.4622-11Gouvernance paritaire des services de prévention et santé au travailLes services de prévention et de santé au travail sont dirigés par un conseil composé à parts égales de représentants des employeurs et des salariés., le service de santé au travail est administré paritairement selon les modalités prévues au troisième alinéa de l'article L. 723-35 (Rôle du conseil d'administration dans la gestion des caisses de mutualité sociale agricole)Art. L.723-35Rôle du conseil d'administration dans la gestion des caisses de mutualité sociale agricoleLe conseil d'administration des caisses de mutualité sociale agricole gère les affaires et doit consulter des comités pour certaines décisions importantes. du présent code. Cependant, toute entreprise peut, lorsque l'importance des effectifs des travailleurs salariés le justifie, être autorisée par l'autorité administrative compétente de l'Etat à organiser un service autonome de santé au travail.

L'exercice du service de santé au travail est confié à des médecins à temps partiel ou à temps complet. Des décrets déterminent les compétences techniques que ces médecins doivent posséder ainsi que les conditions dans lesquelles les médecins praticiens participent à l'exercice du service de santé au travail.