Les laboratoires sollicitant une habilitation adressent au préfet du département de leur siège (à l'attention de la Direction départementale de l'agriculture et de la forêt ou de la Direction départementale de l'équipement et de l'agriculture) une demande comportant les pièces suivantes :
― l'acte de candidature, selon le modèle figurant en annexe II ;
― l'organigramme hiérarchique et fonctionnel du laboratoire ;
― la justification de l'accréditation requise à l'article R. 202-10 du code rural et de la pêche maritime, ou, en cas de non obtention de l'accréditation, un exposé rédigé en langue française justifiant des compétences du laboratoire permettant de motiver une habilitation à titre provisoire ;
― la copie du courrier du laboratoire national de référence attestant du résultat favorable obtenu par le laboratoire candidat au dernier essai inter-laboratoires.
Dans le cas de laboratoires établis hors du territoire national, la demande est à adresser au ministre chargé de l'agriculture (DGPEI / SPM / SDEPA / BGA).

L'habilitation, après délivrance, demeure valide sous réserve de l'obtention de résultats favorables aux essais inter-laboratoires effectués en application du cahier des charges national sous la responsabilité du Laboratoire national de référence.
Le Laboratoire national de référence envoie, à la Direction départementale de l'agriculture et de la forêt ou à la Direction départementale de l'équipement et de l'agriculture compétente, copie du courrier qu'il adresse au laboratoire d'analyse, relatif aux résultats aux essais inter-laboratoires. Dans le cas de laboratoires établis hors du territoire national, cette copie est adressée au ministre chargé de l'agriculture (DGPEI/SPM/SDEPA/BGA).

l'habilitation est suspendue :
― en cas de résultat défavorable à un essai inter-laboratoires non suivi de mesures correctives prises dans les plus brefs délais et validées par le laboratoire national de référence ;
― après qu'un ou plusieurs manquements aux obligations et engagements figurant à l'annexe II du présent arrêté ont été constatés et que le laboratoire, mis en demeure de présenter ses explications, n'a pas régularisé la situation.
― La suspension de l'habilitation est notifiée au laboratoire par le préfet, ou par le ministre dans le cas des laboratoires établis hors du territoire national. L'habilitation est retirée si, dans un délai d'un an après la notification de la suspension, le laboratoire n'a pas fourni d'éléments de nature à permettre la levée de cette suspension.