Pendant la scolarité, les élèves surveillants pénitentiaires sont soumis à des contrôles de connaissances dont les modalités sont précisées par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire conformément aux instructions du directeur de l'administration pénitentiaire, qui valide les propositions du directeur de l'école.

Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire veille au bon déroulement des contrôles institutionnels et en assure le suivi selon les instructions du directeur de l'administration pénitentiaire.

La nomination en qualité de stagiaire est subordonnée à l'aptitude professionnelle des élèves appréciée par :
- les notes obtenues lors des cycles de formation à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire ;
- les notes obtenues lors des stages en structure pénitentiaire ou partenaire.

Pour la détermination de la notation, les trois principaux critères de l'évaluation portent sur :
- les connaissances ;
- la pratique, les techniques et gestes professionnels ;
- le comportement.
La nature des épreuves, les appréciations permettant de déterminer la notation ainsi que les coefficients attribués sont précisés par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et validés par le directeur de l'administration pénitentiaire.

Il est constitué une commission de suivi des élèves. La commission de suivi des élèves est composée du directeur de l'administration pénitentiaire ou de son représentant, du directeur régional des services pénitentiaires de Bordeaux ou de son représentant et du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire ou de son représentant.
Elle se réunit, en tant que de besoin, pour étudier le cas des élèves éprouvant des difficultés.