L'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr et l'Ecole militaire interarmes relèvent de la direction des ressources humaines de l'armée de terre. Elles sont placées sous le commandement d'un officier général de l'armée de terre qui porte le titre de général commandant les écoles de Saint-Cyr Coëtquidan.

Une instruction du général commandant les écoles de Saint-Cyr Coëtquidan fixe le contenu général, le déroulement et les objectifs de la scolarité des élèves officiers de l'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr et de l'Ecole militaire interarmes. Elle définit également les conditions d'organisation des examens et les coefficients qui leur sont attribués.

Chacune des écoles dispose d'un conseil de perfectionnement qui peut être consulté par le ministre de la défense et le chef d'état-major de l'armée de terre sur les questions relatives à l'organisation générale des écoles, à l'admission et à la scolarité des élèves. Leurs modalités de fonctionnement sont précisées par instruction.

Le conseil de perfectionnement de l'Ecole spéciale militaire comprend :
1° Des agents de l'Etat, désignés par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du chef d'état-major de l'armée de terre :
― une personnalité choisie en fonction de sa compétence, président ;
― deux officiers généraux ou supérieurs en activité diplômés de l'Ecole spéciale militaire ;
― cinq personnalités civiles choisies en raison de leur compétence ;
― deux enseignants de l'école spéciale militaire ;
― un enseignant de classe préparatoire à l'école spéciale militaire.
La durée de leur mandat est de deux ans, renouvelable deux fois.
2° Des membres de droit :
― l'adjoint au directeur des ressources humaines de l'armée de terre, commandant les écoles et les lycées de la défense relevant de l'armée de terre, vice-président ;
― le directeur des ressources humaines de l'armée de terre, ou son représentant ;
― l'inspecteur de l'armée de terre, ou son représentant ;
― le commandant des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan ;
― le directeur général de la formation militaire des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan ;
― le directeur général de l'enseignement et de la recherche des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan.
3° Un élève de troisième année et un élève de deuxième année de l'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr, désignés par le commandant de l'école.
4° Des membres bénévoles :
― le président de l'association amicale des élèves et anciens élèves de l'Ecole spéciale militaire de Saint-Cyr (La Saint-Cyrienne) ;
― deux personnalités choisies en fonction de leur expertise.

Le conseil de perfectionnement de l'Ecole militaire interarmes comprend :
1° Des agents de l'Etat, désignés par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du chef d'état-major de l'armée de terre :
― une personnalité choisie en fonction de sa compétence, président ;
― deux officiers généraux ou supérieurs en activité issus du recrutement semi-direct ;
― deux personnalités civiles choisies en raison de leur compétence ;
― une personnalité du ministère de l'éducation nationale ;
― un enseignant des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan ;
― deux membres de l'enseignement supérieur.
La durée de leur mandat est de deux ans, renouvelable deux fois.
2° Des membres de droit :
― l'adjoint au directeur des ressources humaines de l'armée de terre, commandant les écoles et les lycées de la défense relevant de l'armée de terre, vice-président ;
― le directeur des ressources humaines de l'armée de terre, ou son représentant ;
― l'inspecteur de l'armée de terre, ou son représentant ;
― le commandant des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan ;
― le directeur général de la formation militaire des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan ;
― le directeur général de l'enseignement et de la recherche des écoles de Saint-Cyr Coëtquidan.
3° Un élève de l'Ecole militaire interarmes désigné par le commandant de l'école.
4° Des membres bénévoles :
― le président de l'Epaulette ;
― une personnalité choisie en fonction de son expertise.