| Livre Ier | Agrément des associations de protection de la nature et de l'environnement exerçant leur activité dans un cadre excédant les limites d'une région. | Article R. 141-13 |
| | Agrément des sites naturels de compensation mentionnés à l'article L. 163-3 du code de l'environnement. | Article R. 163-2 |
| Livre II | Agrément des personnes compétentes pour siéger aux comités de bassin et désignation des représentants des milieux socioprofessionnels. | Article D. 213-19 |
| | Opposition à une délibération à caractère budgétaire ou financier du conseil d'administration d'une agence de l'eau. | Article R. 213-41 |
| | Opposition aux autres délibérations du conseil d'administration d'une agence de l'eau. | Article R. 213-41 |
| | Agrément de laboratoires ou d'organismes en vue de la réalisation des analyses, contrôles et évaluations nécessaires pour l'application des législations sur l'eau. | Article R. 214-50 |
| | Désignation de l'organisme chargé de coordonner les programmes de contrôle organisés par la Commission européenne pour s'assurer de la qualité des mesures réalisées par les organismes chargés de la surveillance de la qualité de l'air. | Article R. 221-15 |
| | Etablissement de la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre et détermination de la quantité de quotas pour chaque exploitant. | Article R. 229-8 |
| | Détermination de la quantité de quotas gratuits affectés à un nouvel entrant | Article R. 229-9 |
| | Décisions relatives à l'habilitation et au commissionnement des personnes à rechercher et constater les infractions et les manquements en matière de surveillance des émissions des gaz polluants et des particules polluantes des moteurs à combustion interne destinés aux engins mobiles non routiers | Art. L. 224-16 à L. 224-19 Art. R. 224-69 à R. 224-71 |
| | Décisions relatives aux contrôles de conformité (pouvoirs d'enquêtes, contrôle de la conformité, mesures, sanctions administratives et saisine du procureur de la République) en matière de surveillance des émissions des gaz polluants et des particules polluantes des moteurs à combustion interne destinés aux engins mobiles non routiers | Art. L. 224-20 à L. 224-26 Art. R. 224-70 à R. 224-72 |
| | Demande de restitution de quotas indûment perçus | Articles L. 229-8 et R. 229-8 |
| | Suspension de l'allocation de quotas | Articles L. 229-9 et R. 229-8 |
| | Annulation de quotas | Article R. 229-23 |
| Livre III | Commissionnement des agents non publics constituant les gardes du littoral | Article R. 322-15 |
| | Nomination des membres du conseil d'administration d'un établissement public de parc national. | Article R. 331-26 |
| | Maintien ou levée de l'opposition du commissaire du Gouvernement à une délibération du conseil d'administration d'un établissement public de parc national. | Article R. 331-45 |
| | Autorisation de modification de l'état ou de l'aspect d'une réserve naturelle nationale en cas d'avis défavorable d'une des commissions dont la consultation est obligatoire. | Article R. 332-25 |
| | Autorisation spéciale de travaux en site classé ou en instance de classement. | Article R. 341-12 |
| | Commissionnement des agents non publics des réserves naturelles | Article R. 332-68 |
| Livre IV | Dérogations définies au 4° de l'article L. 411-2 lorsqu'elles concernent les opérations suivantes réalisées sur des animaux appartenant à une espèce de vertébrés protégée au titre de l'article L. 411-1, menacée d'extinction en France en raison de la faiblesse, observée ou prévisible, de ses effectifs et dont l'aire de répartition excède le territoire d'un département : prélèvement ; capture ; destruction ; transport en vue d'une introduction dans le milieu naturel ; destruction, altération ou dégradation du milieu particulier de l'espèce. | Article R. 411-8 |
| | Autorisations d'introduction dans le milieu naturel d'animaux appartenant à une espèce de vertébrés, protégée au titre de l'article L. 411-1, menacée d'extinction en France en raison de la faiblesse observée ou prévisible de ses effectifs et dont l'aire de répartition excède le territoire d'un département. | Article R. 411-34 (1°, a du II) |
| | Autorisations d'introduction dans le milieu naturel d'animaux ou de végétaux appartenant à des espèces figurant sur les listes établies en application de l'article L. 411-4, lorsque l'opération est conduite par des personnes morales placées sous la tutelle ou le contrôle de l'Etat, dont les attributions ou les activités s'exercent au plan national. | Article R. 411-34 (1°, b du II) |
| | Autorisations d'introduction sur le territoire national, de détention, de transport, d'utilisation ou d'échange d'animaux ou de végétaux appartenant à des espèces figurant sur les listes établies en application de l'article L. 411-6, lorsque la demande ne porte pas sur des travaux de recherche sur ces espèces, ni ne vise leur conservation hors du milieu naturel. | Article R. 411-40 (2° du I) |
| | Délivrance du récépissé de déclaration pour l'accès aux ressources génétiques en vue de leur utilisation | Articles R. 412-14 et R. 412-16 |
| | Arrêtés d'autorisation pour l'accès aux ressources génétiques en vue de leur utilisation | Article R. 412-22 |
| | Arrêtés d'autorisation pour l'utilisation de connaissances traditionnelles associées aux ressources génétiques | Article R. 412-33 |
| | Délivrance et retrait de l'agrément des conservatoires botaniques nationaux. | Article R. 416-5 |
| | Nomination des membres des comités directeurs des réserves nationales de chasse et de faune sauvage. | Article R. 422-93 |
| | Homologation des modèles de pièges de nature à provoquer des traumatismes physiques aux animaux. | Article R. 427-15 |
| | Décision de confier la gestion d'une fédération départementale de pêche au préfet en cas de défaillance de celle-ci. | Article R. 434-36 |
| | Délivrance et retrait de l'agrément des associations de pêcheurs professionnels en eau douce. | Article R. 434-42 |
| | Approbation des statuts des associations de pêcheurs professionnels en eau douce et de leurs modifications. | Article R. 434-43 |
| | Décision de confier la gestion d'une fédération agréée de pêche au préfet en cas de défaillance de celle-ci. | Article R. 434-47 |
| | Dérogations définies au 4° de l'article L. 411-2 lorsqu'elles concernent des opérations conduites sur le territoire de plus de dix départements, à des fins de recherche et d'éducation, par des personnes morales placées sous la tutelle ou le contrôle de l'Etat. | Article R. 411-7 |
| Livre V | Fixation des prescriptions assortissant l'autorisation délivrée aux installations classées mentionnées à l'article L. 512-2. | Article R. 512-42 |
| | Agrément des organismes chargés du contrôle périodique des installations classées prévu à l'article L. 512-11. | Article R. 512-61 |
| | Agrément des laboratoires ou organismes chargés de réaliser des analyses et contrôles prescrits pour des installations classées. | Article R. 512-71 |
| | Sanction du manquement à l'obligation de constitution de garanties financières faite à certaines installations classées. | Article R. 516-4 |
| | Autorisation de l'opération de traitement mentionnée à l'article R. 521-33. | Article R. 521-34 |
| | Dérogations au titre de l'article 55 du règlement (UE) n° 528/2012 | Article R. 522-6 |
| | Opposition à une décision du directeur général de l'agence mentionnée à l'article L. 1313-1 du code de la santé publique relative à la délivrance, à la modification ou au retrait de l'autorisation de mise sur le marché ou à l'expérimentation d'un produit biocide | Articles R. 522-11 |
| | Mesure d'interdiction, de restriction ou d'application de prescriptions particulières concernant la mise sur le marché, la délivrance, l'utilisation et la détention d'un produit biocide | Articles R. 522-15 |
| | Toutes décisions relatives à l'évaluation et au contrôle des risques présentés par les substances existantes (produits chimiques et biocides) conformément aux articles 9,10,12,13 et 16 du règlement n° 793/93/ CEE du 23 mars 1993. | Article R. 523-1 |
| | Toutes décisions relatives à l'exportation et à l'importation de certains produits chimiques dangereux conformément aux articles 3,4 et 5 du règlement n° 304/2003/ CE. | Article R. 523-2 |
| | Toutes décisions relatives à la production, l'importation, l'exportation, l'offre, l'utilisation et la récupération de substances qui appauvrissent la couche d'ozone conformément aux articles 3,4 et 6 du règlement 2037/2000/ CEE du 29 juin 2000. | Article R. 523-3 |
| | Autorisation de dissémination d'organismes génétiquement modifiés, sauf si cette compétence est dévolue à un autre ministre. | Article R. 533-1 |
| | Autorisation de mise sur le marché d'organismes génétiquement modifiés, sauf si cette compétence est dévolue à un autre ministre. | Article R. 533-25 |
| | Toutes décisions relatives à l'importation, à l'exportation ou au transit d'un déchet sur le territoire national conformément au règlement communautaire mentionné à l'article R. 541-62. | Article R. 541-62 |
| | Approbation de certains systèmes individuels de collecte des déchets électriques et électroniques ménagers. | Article R. 541-184 |
| | Autorisation de fabrication, d'importation ou d'utilisation d'un objet bruyant ou dispositif d'insonorisation à des fins particulières. | Article R. 541-23 |
| | Autorisation de transfert de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé. | Article R. 542-38 |
| | Consentement donné à l'importation de transfert de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé en provenance d'un Etat membre de l'Union européenne. | Article R. 542-41 |
| | Autorisation d'exportation de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé à destination d'un Etat membre de l'Union européenne. | Article R. 542-45 |
| | Autorisation d'importation de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé en provenance d'un Etat n'appartenant pas à l'Union européenne. | Article R. 542-50 |
| | Autorisation d'exportation de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé à destination d'un Etat n'appartenant pas à l'Union européenne. | Article R. 542-54 |
| | Autorisation de transit à l'occasion du transfert de déchets radioactifs ou de combustible nucléaire usé entre Etats membres de l'Union européenne. | Article R. 542-60 |
| | Décision de ne pas mener à bien un transfert autorisé. | Article R. 542-65, al. 1er |
| | Autorisation de retour sur le territoire national des déchets radioactifs ou du combustible nucléaire usé dont le transfert n'a pu être mené à bien si le transfert avait pour objet l'exportation de ces substances. | Article R. 542-65, al. 3 |