Les comptes du Conseil économique, social et environnemental sont tenus par le trésorier, qui n'est pas soumis aux dispositions applicables aux comptables publics telles que définies aux articles 9, 13 à 17 et 19 à 21 du décret du 7 novembre 2012 susvisé mais assume les missions prévues à l'article 18 du même décret, à l'exception des poursuites en vue du recouvrement de créances. Ces dernières sont diligentées à la demande du Premier ministre ou de son délégataire.

Les disponibilités du Conseil économique, social et environnemental sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Toutefois, le trésorier est autorisé à ouvrir un compte bancaire en vue de l'exécution d'opérations relevant des sections prévues aux 2° et 3° de l'article 4.

Un service spécialisé, placé sous l'autorité du trésorier, est chargé de recevoir et d'enregistrer les factures et titres établissant les droits acquis aux créanciers. La certification du service fait constitue l'ordre de payer.
Le trésorier peut opérer ses contrôles en fonction des caractéristiques des opérations qu'il exécute et de son appréciation des risques afférents à celles-ci. A cet effet, il adapte l'intensité, la périodicité et le périmètre de ses contrôles.

La comptabilité du Conseil économique, social et environnemental comporte une comptabilité générale et une comptabilité budgétaire en autorisations d'engagement et en crédits de paiement. Une comptabilité d'analyse des coûts est également tenue. Une comptabilité analytique est mise en place le cas échéant, selon les besoins propres au Conseil économique, social et environnemental.
La tenue des comptes du Conseil économique, social et environnemental répond à l'objectif de qualité des comptes fixé par l'article 57 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

La comptabilité budgétaire retrace l'ouverture et la consommation des autorisations d'engager et de payer ainsi que l'enregistrement des recettes autorisées. Elle permet de rendre compte de l'utilisation des crédits et des emplois mis à disposition, conformément à la spécialisation de ces crédits et de ces emplois.

La comptabilité générale vise à donner une image fidèle du résultat de la gestion, du patrimoine et de la situation financière du Conseil économique, social et environnemental. La comptabilité générale est fondée sur le principe de la constatation des droits et obligations. Elle est tenue par exercice s'étendant sur une année civile.
Le trésorier du Conseil économique, social et environnemental tient trois comptes distincts correspondant aux trois sections prévues à l'article 4.
Chaque année, les comptes du Conseil économique, social et environnemental font l'objet d'une centralisation dans les comptes de l'Etat retracés dans le compte général de l'Etat. La transmission des comptes annuels du Conseil économique, environnemental et social est effectuée par le trésorier au contrôleur budgétaire et comptable ministériel auprès des services du Premier ministre au plus tard le 31 janvier de l'année suivante.
Pour chacun des comptes, les opérations sont regroupées dans un compte annuel et transmises à la Cour des comptes.
Les comptes du Conseil économique, social et environnemental sont soumis à une certification annuelle.

Un rapport analysant la soutenabilité à long terme de la caisse de retraite et, le cas échéant, les mesures correctrices permettant de la garantir est établi tous les cinq ans par le Conseil économique, social et environnemental. Ce rapport est communiqué au Premier ministre et au ministre chargé du budget.
Le trésorier du Conseil économique, social et environnemental transmet chaque année un état actualisé des engagements de retraite de la caisse de retraite au contrôleur budgétaire et comptable ministériel auprès des services du Premier ministre, au plus tard le 31 mars, en vue d'une intégration dans le compte général de l'Etat.