Il est institué auprès de l'établissement une commission des rémunérations chargée de donner un avis sur les recrutements de tout personnel au-delà d'une rémunération brute annuelle fixée dans le règlement intérieur de cette commission. Elle est aussi consultée sur les montants des indemnités de licenciement et ceux des indemnités spécifiques de rupture conventionnelle de contrat au-delà d'un seuil également fixé dans son règlement intérieur.
Ce règlement intérieur est adopté par le conseil de surveillance, sur proposition du directoire. Il fixe en particulier la composition et le fonctionnement de cette commission, les conditions et les modalités de sa saisine.
Les membres de la commission sont nommés par le conseil de surveillance sur proposition du directoire. Le préfet de la région Hauts-de-France ou son représentant assiste de droit aux réunions de cette commission, avec voix consultative.

L'établissement public est soumis aux articles R. 2221-35 à R. 2221-52 du code général des collectivités territoriales.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par le préfet de la région Hauts-de-France, sur proposition du conseil de surveillance, après avis du directeur régional des finances publiques.

Une comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable sous le contrôle du président du directoire selon un plan établi par ce dernier et approuvé par le conseil de surveillance après avis des commissaires aux comptes et du comité des engagements et des risques mentionnés à l'article 11.

Cette comptabilité permet de mesurer et suivre les coûts des différentes missions assurées par l'établissement public au titre des I à IV de l'article 1er de l'ordonnance du 21 avril 2016 susvisée.

Elle distingue les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier unique adressé au préfet de la région Hauts-de-France au titre de l'article 4 bis de la même ordonnance.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes, des régies d'avances et des régies d'avances et de recettes dans les conditions prévues aux articles R. 1617-1 et suivants du code général des collectivités territoriales.