Il est institué auprès de l'établissement une commission des marchés chargée de veiller au respect des procédures de passation et d'exécution de marchés de travaux, de fournitures et de services.
Le conseil de surveillance adopte le règlement intérieur de la commission, sur proposition du directoire. Ce règlement fixe la composition et les modalités de fonctionnement de cette commission. La commission est saisie, avant sa signature, de tout projet de marché d'un montant estimatif prévisionnel supérieur à un seuil fixé par ce règlement intérieur. Le règlement intérieur précise également les conditions de saisine de la commission en ce qui concerne les avenants et marchés complémentaires.
Les membres de cette commission sont nommés par le conseil de surveillance sur proposition du directoire. Le commissaire du Gouvernement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent de droit aux réunions de cette commission, avec voix consultative.