Après avoir vérifié leur recevabilité, la commission transmet les alertes dont elle est saisie aux ministres compétents dans un délai maximum de trois mois, éventuellement étendu à sept mois si une instruction plus approfondie est nécessaire. Les ministres informent la commission dans un délai de trois mois de la suite qu'ils réservent aux alertes transmises et des éventuelles saisines des agences sanitaires et environnementales placées sous leur autorité résultant de ces alertes.

1° Le président de la commission est nommé parmi les membres de la commission pour une durée de quatre ans par arrêté du ministre chargé du développement durable.
Il est assisté d'un vice-président nommé dans les mêmes conditions que le président.
Le vice-président assure la présidence de la commission en cas d'absence ou d'empêchement du président ;
2° Les membres de la commission mentionnés du 1° au 5° de l'article 1er disposent d'un suppléant désigné ou proposé dans les mêmes conditions qu'eux.

En cas de vacance survenant plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre, il est pourvu à la vacance pour la durée restant à courir de ce mandat dans les mêmes conditions que celles prévues à l'article 2.

La commission se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Cette convocation peut être envoyée par tous moyens, y compris par télécopie ou par courrier électronique. Il en est de même des pièces ou documents nécessaires à la préparation de la réunion ou établis à l'issue de celle-ci.

Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant la commission sont présents, y compris les membres prenant part aux débats au moyen d'une conférence téléphonique ou audiovisuelle, ou ayant donné mandat.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, la commission délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.

La commission se prononce à la majorité des voix des membres présents ou représentés. Lorsqu'il a droit de vote, le président a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le procès-verbal de la réunion de la commission indique le nom et la qualité des membres présents, les questions traitées au cours de la séance et le sens de chacune des délibérations. Il précise, le cas échéant, le nom des mandataires et des mandants.
Tout membre de la commission peut demander qu'il soit fait mention de son désaccord avec les recommandations rendues. Celles-ci sont transmises à l'autorité compétente pour prendre la décision.

Pour l'étude de certaines questions, la commission peut entendre, sans qu'elles ne participent au vote, des personnalités qualifiées choisies en raison de leur compétence et de la nature de leurs activités.
Elle peut entendre comme témoin toute personne susceptible de l'éclairer. Le témoin peut demander à ce que son identité ne soit pas divulguée.

Avec l'accord du président, les membres de la commission peuvent participer aux débats au moyen d'une conférence téléphonique ou audiovisuelle. Ce moyen ne peut pas être utilisé lorsque le vote est secret.

Sauf urgence, les membres de la commission reçoivent cinq jours au moins avant la date de la réunion une convocation comportant l'ordre du jour et, le cas échéant, les documents nécessaires à l'examen des affaires qui y sont inscrites.

Lorsqu'il n'est pas suppléé, un membre de la commission peut donner un mandat à un autre membre. Nul ne peut détenir plus d'un mandat.

La commission adopte un règlement intérieur qui précise les modalités de son organisation et de son fonctionnement.

La commission peut instituer en son sein des formations spécifiques pour procéder à des expertises ou des évaluations particulières. Ces formations sont constituées de membres de la commission et de personnalités choisies en raison de leur compétence ou de leur qualification. Elles peuvent entendre toute personne et recueillir tout avis dans les domaines dont elles sont chargées.
Les modalités de création, de désignation des membres et de fonctionnement de ces formations spécifiques sont précisées par le règlement intérieur.
La commission comprend, notamment, un comité spécialisé, le Comité de la prévention et de la précaution, dont les missions, la composition et le fonctionnement sont fixés par arrêté du ministre chargé du développement durable.

Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour supportés par eux dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.

La commission transmet son rapport annuel au Parlement, au Premier ministre et à l'ensemble des ministres concernés. Ce rapport est rendu public et est accessible par internet.
Le secrétariat permanent de la commission est assuré par les services du ministère chargé du développement durable.