Après avoir vérifié leur recevabilité, la commission transmet les alertes dont elle est saisie aux ministres compétents dans un délai maximum de trois mois, éventuellement étendu à sept mois si une instruction plus approfondie est nécessaire. Les ministres informent la commission dans un délai de trois mois de la suite qu'ils réservent aux alertes transmises et des éventuelles saisines des agences sanitaires et environnementales placées sous leur autorité résultant de ces alertes.