Outre le rôle défini à l'article R. 121-1 du code de la sécurité sociale, le conseil d'administration des caisses départementales et pluridépartementales et le conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole ont pour mission notamment :
1° De tracer toutes directives générales concernant la gestion et le fonctionnement de l'organisme ;
2° De conclure des conventions collectives de travail et de déterminer les conditions générales de travail et de rémunération du personnel sous les réserves énoncées aux articles L. 123-1, L. 123-2, R. 123-48 à R. 123-53 du code de la sécurité sociale ;
3° De décider la création d'échelons locaux et de fixer les règles de fonctionnement de ces derniers ;
4° De nommer les praticiens-conseils, les médecins du travail sous les conditions particulières imposées pour chaque catégorie d'agent par des textes spécifiques ; de décider sous les mêmes conditions particulières des mesures disciplinaires ;
5° De déléguer aux agents de direction les pouvoirs nécessaires en vue d'assurer, dans le cadre des textes législatifs et réglementaires, le fonctionnement de l'organisme ;
6° De décider des opérations immobilières et des marchés.
Les décisions des unions, unions d'économie sociale, groupements d'intérêt économique et sociétés civiles immobilières mentionnées aux articles L. 723-7 et L. 723-13 ne peuvent avoir d'incidence sur la gestion administrative et financière des caisses de mutualité sociale agricole, qu'après approbation donnée par délibération des conseils d'administration des organismes.

Outre les avis conformes qu'il doit émettre en application de l'article L. 723-35, le comité de protection sociale des salariés peut donner des avis, notamment sur :
1° Les mesures à prendre pour l'application des textes législatifs et réglementaires relatifs aux salariés et aux employeurs de main-d'oeuvre salariée pour ce qui les concerne en cette qualité ;
2° Les objectifs assignés à la caisse pour recouvrer les cotisations sur salaires et servir les prestations des salariés, ainsi que les moyens à mettre en oeuvre et les dispositions à prendre à cet effet ;
3° Les orientations générales des budgets ;
4° Les projets de statuts et de règlement intérieur de la caisse.

Outre les avis conformes qu'il doit émettre en application de l'article L. 723-35, le comité de protection sociale des non-salariés peut donner des avis, notamment sur :
1° Les mesures à prendre pour l'application des textes législatifs et réglementaires relatifs aux non-salariés pour ce qui les concerne ;
2° Les objectifs assignés à la caisse pour recouvrer les cotisations et servir les prestations aux non-salariés, ainsi que les moyens à mettre en oeuvre et les dispositions à prendre à cet effet ;
3° Les orientations générales des budgets ;
4° Les projets de statuts et de règlement intérieur de la caisse.