L'agrément d'un service archéologique d'une collectivité territoriale, prévu au deuxième alinéa du III de l'article 9 de la loi du 17 janvier 2001 susvisée, est délivré par le ministre chargé de la culture.

Le dossier présenté par la collectivité doit comporter tous éléments permettant d'apprécier :
1° Les qualifications, le statut, les spécialités et l'expérience professionnelle, dans le domaine de la recherche archéologique, des personnels employés par le service dont l'agrément est demandé ;
2° Les moyens matériels et financiers dont le service est doté ;
3° L'organisation administrative du service ainsi que sa place dans l'organisation générale de la collectivité.

La demande d'agrément est adressée au préfet de région par lettre recommandée avec demande d'avis de réception.
Lorsque le dossier est incomplet, le préfet de région sollicite les pièces manquantes dans les mêmes formes. A défaut de production de ces pièces dans le mois suivant la réception de la lettre du préfet de région, la collectivité est réputée avoir renoncé à sa demande.
Le préfet de région transmet le dossier complet au ministre chargé de la culture, accompagné de son avis. Il notifie cette transmission à la collectivité qui a sollicité l'agrément.
Le ministre chargé de la culture se prononce, après consultation du Conseil national de la recherche archéologique, dans un délai de quatre mois à compter de la réception du dossier. L'absence de décision expresse à l'expiration de ce délai vaut agrément tacite.
L'agrément est notifié à la collectivité et à l'Institut national de recherches archéologiques préventives. Il est publié au Journal officiel de la République française.

L'agrément peut être limité à certains domaines de la recherche archéologique.
Il est accordé pour cinq années et est renouvelable, à l'initiative de la collectivité, dans les mêmes conditions que l'agrément initial.
Tout changement affectant les conditions au vu desquelles l'agrément a été accordé est communiqué par la collectivité au préfet de région dans les quinze jours de sa réalisation.
L'agrément peut être retiré par arrêté du ministre chargé de la culture en cas de défaut de la déclaration mentionnée à l'alinéa précédent ou lorsque le service ne remplit plus l'une des conditions au vu desquelles il a été agréé. Le ministre notifie à la collectivité les raisons pour lesquelles il envisage de retirer l'agrément et lui impartit un délai, qui ne peut être inférieur à un mois, pour présenter ses observations. Le retrait est publié au Journal officiel de la République française.