Par ses contrôles, la Cour des comptes vérifie sur pièces et sur place la régularité des recettes et des dépenses décrites dans les comptes et s'assure du bon emploi des crédits, fonds et valeurs gérés par les services et organismes relevant de sa compétence.

La Cour des comptes contrôle les services de l'Etat et les autres personnes morales de droit public, sous réserve de la compétence attribuée aux chambres régionales et territoriales des comptes.

La Cour des comptes contrôle les entreprises publiques.

La Cour des comptes contrôle les institutions de la sécurité sociale.

La Cour des comptes peut contrôler les organismes qui bénéficient d'un concours financier d'une personne visée à l'article L. 133-3 ou d'un prélèvement obligatoire au sens de l'article L. 133-4.

Sans préjudice de la compétence attribuée aux chambres régionales des comptes par l'article L. 211-7 du présent code et aux chambres territoriales des comptes par les articles L. 252-9-1, L. 262-10 et L. 272-8, la Cour des comptes peut contrôler les centres de santé mentionnés à l'article L. 6323-1 du code de la santé publique, les établissements et services de droit privé à caractère sanitaire, social ou médico-social mentionnés à l'article L. 312-1 du code de l'action sociale et des familles et à l'article L. 6111-1 du code de la santé publique et financés par l'Etat, ses établissements publics ou l'un des organismes mentionnés à l'article L. 134-1 du présent code ainsi que par les usagers au titre du paiement de leur hébergement ou des prestations annexes ou suppléments qui leur sont facturés. Elle peut également contrôler les personnes morales qui exercent un contrôle, au sens de l'article L. 233-3 du code de commerce, sur les établissements et les services mentionnés à la première phrase du présent article et celles qui détiennent plus de la moitié des voix dans les organes délibérants ou qui exercent, directement ou indirectement, un pouvoir prépondérant de décision ou de gestion sur ces mêmes établissements et services.

Lorsque des établissements, sociétés, groupements et organismes, quel que soit leur statut juridique, auxquels les personnes morales relevant de la compétence des chambres régionales et territoriales des comptes apportent un concours financier supérieur à 1 500 euros ou dans lesquels elles détiennent, séparément ou ensemble, plus de la moitié du capital ou des voix dans les organes délibérants, ou sur lesquels elles exercent, directement ou indirectement, un pouvoir prépondérant de décision ou de gestion, relèvent du contrôle de plusieurs chambres régionales ou territoriales des comptes, la Cour des comptes est compétente pour assurer leur contrôle.

La Cour des comptes est également compétente pour assurer le contrôle des établissements, sociétés, groupements et organismes, quel que soit leur statut juridique, auxquels les personnes morales relevant de la compétence d'une ou plusieurs chambres régionales ou territoriales des comptes et de la Cour des comptes apportent, ensemble, un concours financier supérieur à 1 500 euros ou dans lesquels elles détiennent, ensemble, plus de la moitié du capital ou des voix dans les organes délibérants, ou sur lesquels elles exercent, ensemble, directement ou indirectement, un pouvoir prépondérant de décision ou de gestion, dans des conditions telles que ni la Cour des comptes ni aucune des chambres régionales des comptes concernées n'est seule compétente.

Les dispositions des deux alinéas précédents et celles de l'article L. 111-17 s'appliquent aux filiales des établissements, sociétés, groupements et organismes visés à ces alinéas et à cet article, lorsque ces organismes détiennent dans lesdites filiales, séparément ou ensemble, plus de la moitié du capital ou des voix dans les organes délibérants, ou exercent, directement ou indirectement un pouvoir prépondérant de décision ou de gestion.

La Cour des comptes peut contrôler, dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, le compte d'emploi des ressources collectées auprès du public par les organismes visés à l'article 3 de la loi n° 91-772 du 7 août 1991 relative au congé de représentation en faveur des associations et des mutuelles et au contrôle des comptes des organismes faisant un appel public à la générosité, afin de vérifier la conformité des dépenses engagées par ces organismes aux objectifs poursuivis par un appel à la générosité du public.

Ce contrôle peut comporter des vérifications auprès d'autres organismes qui reçoivent des organismes mentionnés au premier alinéa, sous quelque forme que ce soit, des ressources collectées.

La Cour des comptes peut contrôler, dans des conditions fixées par un décret en Conseil d'Etat, la conformité entre les objectifs des organismes bénéficiant de dons, legs ou versements ouvrant droit à un avantage fiscal et les dépenses financées par ces ressources, lorsque le montant annuel de ceux-ci excède un seuil fixé par un décret en Conseil d'Etat.

La Cour des comptes peut contrôler les comptes que les délégataires de service public ont produits aux autorités délégantes.

La Cour des comptes contrôle les organismes mentionnés à l'article L. 313-17 du code de la construction et de l'habitation dans les conditions prévues à l'article L. 143-3.

La Cour des comptes contrôle la " Fondation du patrimoine ".