Les commissaires stagiaires suivent une formation qui tient compte de leur cursus professionnel antérieur. Cette formation doit parfaire ou leur permettre d'acquérir :
1° Les qualités inhérentes à l'état d'officier ;
2° La connaissance du milieu professionnel ;
3° Les compétences d'administrateur et d'expert dans les domaines du soutien et du fonctionnement administratif, financier, juridique et logistique des formations administratives du ministère de la défense.
La durée de cette formation est d'une année au moins et ne peut excéder deux ans.

Les commissaires stagiaires bénéficient, avant le début du cycle de formation, d'un entretien individuel qui vise à adapter leur formation à leur cursus antérieur et aux premières affectations envisagées.

Lorsqu'une formation d'une année est décidée, le directeur central du service du commissariat des armées notifie, à chaque commissaire stagiaire, les objectifs, la durée, le contenu, les modalités de la formation et des évaluations la sanctionnant. L'évaluation des commissaires stagiaires comporte notamment la soutenance d'un mémoire.
En fonction des besoins de formation identifiés, le cycle de formation peut comprendre des enseignements, des études personnelles ou des stages dans des domaines tels que la comptabilité, les finances publiques, la logistique, les achats publics, l'audit et le contrôle de gestion, le droit, l'organisation et les ressources humaines. Les commissaires stagiaires, recrutés parmi les fonctionnaires, bénéficient d'une formation militaire afin d'acquérir la maîtrise des disciplines indispensables à l'état d'officier, en particulier en matière de commandement et d'exercice de l'autorité.

Lorsqu'une formation de deux ans est décidée, les commissaires stagiaires suivent une formation identique à celle des élèves commissaires.
Ils effectuent le premier cycle de formation en qualité de commissaire stagiaire, et le deuxième cycle de formation en qualité d'officier de carrière, au grade de commissaire capitaine.