Les autorités d'emploi du personnel civil du ministère de la défense mettent à la disposition du service de santé des armées les infrastructures des centres de médecine de prévention et en assurent l'ensemble des charges liées à l'occupation des locaux (eau, électricité, chauffage, nettoyage, gardiennage) et d'entretien courant. Le protocole de mise à disposition de ces infrastructures est élaboré au niveau régional ou local. Pour chaque centre de médecine de prévention est désigné, après concertation entre les autorités d'emploi et le service de santé des armées, un organisme dénommé « corps support » qui en assure le soutien. La totalité des dépenses afférentes à ce soutien est supportée par les états-majors, directions, services ou organismes concernés.

Le chef d'organisme veille à l'application des règles relatives à la médecine de prévention.
Il prend toutes les dispositions pour permettre et faciliter l'exercice du tiers temps par le médecin de prévention.
Il communique notamment au médecin de prévention les renseignements relatifs aux substances et préparations dangereuses utilisées, les résultats de toutes mesures et analyses réalisées en milieu de travail ainsi que la fiche « emploi-nuisances » de chacun des personnels.
Il veille, par la tenue des fiches d'aptitude au poste de travail, à la réalisation des visites médicales à caractère obligatoire. En outre, il peut demander au médecin de prévention la réalisation d'un examen médical au bénéfice d'un agent.
Il est tenu de prendre en considération les avis d'aptitude et propositions formulées par le médecin de prévention et, le cas échéant, de faire connaître les motifs qui s'opposent à ce qu'il y soit donné suite.
Les coûts des prélèvements et des mesures en milieu de travail demandés par le médecin de prévention en application de l'article 23 du décret du 19 juillet 1985 susvisé sont à la charge de l'organisme concerné.