Le secrétariat des commissions est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par chaque commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai de deux mois, aux membres de la commission.

Chaque commission consultative paritaire se réunit au moins une fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission à laquelle ils ont été nommés sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de chaque commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats - à l'exclusion du vote - relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Chaque commission consultative est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants du personnel de toutes questions entrant dans sa compétence. Elle émet ses avis à la majorité des votes exprimés. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée ou à bulletin secret à la demande de l'un des membres titulaires de la commission. Les abstentions sont admises.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contraire à l'avis ou à la proposition émise par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances des commissions ne sont pas publiques.

Les commissions consultatives paritaires siègent en assemblée plénière.
Un représentant du personnel dont le cas est soumis à l'examen de la commission ne peut prendre part aux délibérations de la commission lorsque celle-ci est appelée à statuer sur son cas. Il est alors remplacé par un membre suppléant.

Toutes facilités doivent être données aux représentants des personnels pour leur permettre de remplir leurs attributions. Communication préalable de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission doit leur être donnée au moins huit jours avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de la commission dont ils font partie, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées. Les membres des commissions sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

En cas de difficulté dans le fonctionnement d'une commission, le directeur de l'agence en informe le comité technique central de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger.

Une commission consultative paritaire ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté.
Lors de l'ouverture de la réunion, les trois quarts au moins des membres de la commission doivent être présents. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission qui siège alors valablement si la moitié de ses membres est présente.

Une commission consultative paritaire peut être dissoute par arrêté du ministre des affaires étrangères. Une nouvelle commission - dont le renouvellement est soumis aux conditions énoncées aux articles 5, 12 et 27 du présent arrêté - est instituée dans le délai de deux mois suivant la dissolution.

Les membres des commissions consultatives paritaires ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions dans ces commissions. Les membres convoqués sont toutefois indemnisés de leurs frais d'hébergement et de déplacement, sur le territoire français pour les membres des commissions consultatives paritaires centrales, et sur le territoire de leur pays de résidence pour les membres des commissions consultatives paritaires locales, dans les conditions prévues par la réglementation en vigueur.