L'observatoire est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration. Il est doté d'un conseil scientifique.

Le directeur est choisi, après appel public à candidatures publié au Journal officiel de la République française, parmi des personnalités exerçant ou ayant exercé des activités d'enseignement et de recherche dans les domaines correspondant aux missions de l'établissement.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration et sur rapport d'une commission composée de trois membres élus en son sein par le conseil d'administration, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois.
Le président d'Université Côte d'Azur émet un avis à l'attention du conseil d'administration sur chaque candidature.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique.
Le règlement intérieur précise les modalités d'application du présent article.

I. - Le conseil d'administration comprend vingt-cinq membres :
1° Trois membres de droit :
a) Le directeur de l'observatoire, président ;
b) Le directeur de l'Institut national des sciences de l'Univers du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
c) Le président d'Université Côte d'Azur ou son représentant ;
2° Six personnalités extérieures à l'observatoire, désignées dans les conditions prévues par les articles D. 719-47-1 à D. 719-47-4 du code de l'éducation :
a) Une personne désignée par le président de l'Institut de recherche pour le développement ;
b) Un représentant du conseil régional de Provence-Alpes-Côte d'Azur ;
c) Un représentant du conseil départemental des Alpes-Maritimes ;
d) Un représentant de la métropole Nice Côte d'Azur ;
e) Deux personnes désignées en raison de leurs compétences dans les domaines correspondant aux missions de l'observatoire, par les membres élus du conseil d'administration après appel public à candidature ;
3° Quatorze membres élus :
a) Quatre représentants des astronomes, des physiciens, des professeurs d'université ou personnels appartenant à des catégories assimilées par application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
b) Quatre représentants des astronomes adjoints, des physiciens adjoints, des maîtres de conférences ou des personnels appartenant à des catégories assimilées par application dispositions du même article ;
c) Quatre représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniciens, ouvriers, de service et de santé ;
d) Deux représentants des étudiants préparant un doctorat ;
4° Deux représentants du conseil scientifique désignés par ce conseil, dont un représentant enseignant-chercheur ou un personnel appartenant à des catégories assimilées par application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé et un représentant de la catégorie A des personnels techniques.
II. - Le directeur de l'observatoire peut inviter à assister aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il estime la présence utile.
Les responsables des unités internes, le directeur général des services et l'agent comptable participent avec voix consultative au conseil d'administration.

I. - Le conseil scientifique comprend :
1° Neuf personnalités scientifiques extérieures à l'observatoire, désignées dans les conditions prévues par les articles D. 719-47-1 à D. 719-47-4 du code de l'éducation.
Elles sont nommées par le recteur de la région académique Provence-Alpes-Côte d'Azur en raison de leur compétence dans les domaines correspondant aux missions de l'observatoire, sur proposition du directeur de l'Institut national des sciences de l'Univers du Centre national de la recherche scientifique, après consultation du président du Centre national d'études spatiales et du président de l'Institut de recherche et de développement ;
2° Neuf membres élus :
a) Trois représentants des astronomes, des physiciens, des professeurs d'université ou des personnels appartenant à des catégories assimilées par application des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
b) Trois représentants des astronomes adjoints, des physiciens adjoints, des maîtres de conférences ou des personnels appartenant à des catégories assimilées par application des dispositions du même article ;
c) Trois représentants de la catégorie A des personnels techniques ;
3° Le directeur de l'observatoire ;
4° Les directeurs des unités de recherche de l'observatoire ou leurs représentants.
II. - Le président du conseil scientifique est élu par ses membres parmi les personnalités scientifiques extérieures mentionnées au 1° du I.
III. - Le vice-président chargé de la recherche d'Université Côte d'Azur assiste aux séances du conseil scientifique avec voix consultative.
Le directeur général des services et les responsables des unités internes, ainsi que toute personne dont le conseil scientifique ou son président souhaite recueillir l'avis, assistent aux séances du conseil scientifique avec voix consultative.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique est de cinq ans renouvelables, sauf pour les représentants étudiants dont le mandat est de deux ans et demi renouvelables.
Le mandat des membres du conseil d'administration et du conseil scientifique prend effet à la date de la première réunion de ces conseils, sous réserve des dispositions du troisième alinéa.
Le mandat des représentants élus des étudiants qui siègent au conseil d'administration pendant la seconde partie du mandat des représentants élus des personnels prend effet à compter de l'expiration du mandat de leurs prédécesseurs et expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels.
Les membres du conseil d'administration et du conseil scientifique siègent valablement jusqu'au début du mandat de leurs successeurs.

Tout membre nommé du conseil d'administration ou du conseil scientifique, s'il n'est pas présent ou représenté lors de trois séances consécutives, peut être déclaré démissionnaire à la majorité des autres membres composant le conseil auquel il appartient.
Le mandat des membres des conseils cesse lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, il est pourvu à son remplacement pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant le terme normal du mandat.

Les fonctions de membre du conseil d'administration et du conseil scientifique sont exercées à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour des membres de ces conseils sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les conditions d'exercice du droit de suffrage, d'éligibilité, le déroulement et les conditions de régularité du scrutin et les modalités de recours contre les élections sont fixés par les articles D. 719-3 et D. 719-7 à D. 719-40 du code de l'éducation, sous réserve des dispositions prévues par le présent décret.
Le directeur de l'observatoire est chargé de l'organisation des opérations électorales. A ce titre, il fixe notamment la date des scrutins, établit les listes électorales, qu'il publie quinze jours au moins avant la date retenue pour les scrutins, et convoque les collèges électoraux.
Les membres mentionnés au 3° du I de l'article 7 et au 2° du I de l'article 8 sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours à la majorité absolue au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix à l'issue du second tour, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
Il peut être recouru au vote électronique par internet dans les conditions fixées par les articles 2 à 17 du décret du 26 mai 2011 susvisé.

Sont électeurs et éligibles aux conseils prévus aux articles 7 et 8, au titre des personnels d'enseignement et de recherche, dans le collège correspondant à leur grade, les personnels affectés à une unité de l'observatoire.
Sont également électeurs et éligibles dans les mêmes conditions et sur leur demande :
1° Les personnels assurant à l'observatoire des enseignements correspondant au moins au quart des obligations statutaires de service de référence ;
2° Les personnels assurant leurs activités de recherche à l'observatoire en vertu d'une convention.

Sont électeurs et éligibles dans le collège correspondant à leur catégorie les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service affectés à une unité de l'observatoire ainsi que les personnels mis à sa disposition et y assurant au moins un mi-temps.

Sont électeurs et éligibles dans le collège des étudiants les étudiants inscrits à l'Université Côte d'Azur et préparant un doctorat dans les laboratoires de l'observatoire.

Le règlement intérieur de l'observatoire précise les règles relatives au fonctionnement des conseils prévus aux articles 7 et 8.
Il fixe notamment :
1° Les règles de quorum des conseils, les modalités de délibération et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour de ces conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs ;
2° Les conditions d'élection du président du conseil scientifique ;
3° Les règles de désignation des vice-présidents du conseil d'administration et du conseil scientifique, et leurs attributions ;
4 ° Les règles de publicité des délibérations.

Le conseil d'administration et le conseil scientifique se réunissent au moins deux fois par an sur convocation de leur président ; en outre ils peuvent se réunir en séance extraordinaire à l'initiative du président ou à la demande de la moitié au moins de ses membres. L'ordre du jour, établi par le président, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.