Le directeur est choisi, après appel public à candidatures publié au Journal officiel de la République française, parmi des personnalités exerçant ou ayant exercé des activités d'enseignement et de recherche dans les domaines correspondant aux missions de l'établissement.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration et sur rapport d'une commission composée de trois membres élus en son sein par le conseil d'administration, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois.
Le président d'Université Côte d'Azur émet un avis à l'attention du conseil d'administration sur chaque candidature.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique.
Le règlement intérieur précise les modalités d'application du présent article.