La notification des avis et, le cas échéant, la convocation des agents et des autorités dont ils relèvent sont assurées par le secrétariat de la commission.
Lorsqu'elle est saisie en application des 1° et 2° du I de l'article 25 octies de la loi du 13 juillet 1983 précitée, la commission bénéficie du concours des services de la direction générale de l'administration et de la fonction publique.

Dans les cas prévus aux 1°, 2° et 3° du I de l'article 25 octies de la loi du 13 juillet 1983 précitée, le président de la commission peut décider de la réunir dans une formation restreinte qui comprend, outre lui-même, les membres mentionnés aux 1°, 2° et 3° du VII du même article.
Le président peut également décider, pour des questions d'intérêt commun, de la réunir dans une formation plénière qui comprend l'ensemble des membres mentionnés au VII du même article.
Les séances de la commission ne sont pas publiques.

La commission ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente lors de l'ouverture de la séance. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, la commission est convoquée à nouveau sur le même ordre du jour dans le délai minimal de deux jours. Elle siège alors valablement, quel que soit le nombre de membres présents.
En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.

Conformément au IV de l'article 25 octies, la commission peut entendre ou consulter toute personne dont le concours lui paraît utile. Elle entend l'agent à sa demande ou le convoque si elle le juge nécessaire. L'agent peut se faire assister par toute personne de son choix.

La commission remet au Premier ministre un rapport annuel qui est rendu public.