Le régime financier et comptable défini par les décrets du 10 décembre 1953, du 29 décembre 1962 et du 8 juillet 1999 susvisés est applicable à l'établissement.

L'établissement public d'insertion de la défense est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé de l'emploi et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'établissement public d'insertion de la défense est nommé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé de l'emploi et du ministre chargé du budget.

Les dépenses de l'établissement public d'insertion de la défense comprennent les frais de personnel, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies de dépenses dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé. Les régisseurs sont désignés par le directeur général avec l'agrément de l'agent comptable.

Un arrêté du ministre de la défense, du ministre chargé de l'emploi et du ministre chargé du budget détermine les conditions d'affectation à l'établissement des biens meubles et immeubles nécessaires à son fonctionnement. Une convention conclue entre l'Etat et l'établissement définit les modalités d'utilisation des biens ainsi affectés.