Le directeur est nommé par décret sur proposition du ministre de l'intérieur. Il assiste aux séances du conseil d'administration de l'établissement, du conseil d'orientation de l'Observatoire national de la délinquance et du comité scientifique du département chargé de la formation, des études et de la recherche.

Le directeur dirige l'établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration, auquel il rend compte périodiquement de sa gestion. Il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par le présent décret, et notamment :
1° Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration ;
2° Il représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile ;
3° Il prépare et exécute le budget ;
4° Il est ordonnateur et prescrit à ce titre l'exécution des recettes et des dépenses ;
5° Il conclut les contrats et les conventions ; il en rend compte au conseil d'administration ;
6° Il a autorité sur l'ensemble des personnes suivant les différents cycles de formation ;
7° Il exerce le pouvoir hiérarchique sur les personnels affectés à l'établissement public à l'exception de l'agent comptable ;
8° Il pourvoit aux emplois et fonctions de l'établissement public ;
9° Il peut prendre toutes mesures conservatoires et, notamment, accepter à titre provisoire les dons et legs consentis à l'établissement public, sous réserve de l'acceptation définitive du conseil d'administration.

Le directeur est assisté par un secrétaire général, choisi parmi les membres des corps recrutés par la voie de l'Ecole nationale d'administration ou d'une école de niveau équivalent, qui est nommé par décret du Premier ministre pris sur proposition du ministre de l'intérieur.
Le directeur est également assisté par des chefs de division, nommés par arrêté du ministre de l'intérieur, sur sa proposition.
Le directeur peut déléguer sa signature au secrétaire général. Celui-ci assure son intérim en cas d'absence ou d'empêchement. Il peut également déléguer sa signature aux chefs de division pour les actes relevant de leur compétence et n'emportant pas d'engagement financier.